核心结论：在农村宅基地多次转让且原始买卖协议丢失，但现有证件在手的情况下，被征用土地时，可通过以下方式处理：

1. 确认现有证件的法律效力及内容

   • 首先，要明确现有证件的具体类型，如宅基地使用权证等。这些证件是证明你对宅基地拥有合法使用权益的重要依据。如果证件真实有效且登记信息准确，在土地征用时，相关部门通常会依据证件上的信息来确认土地的使用权归属。例如，若宅基地使用权证上明确记载你是使用权人，那么在征用补偿等方面，你应作为合法的权益主体参与。
   • 然而，如果现有证件存在信息错误、登记不规范等问题，可能会影响你在土地征用中的权益。比如，证件上的面积与实际面积不符，或者登记的使用权人与实际不符等情况。此时，你需要及时向相关部门申请更正登记，提供能够证明实际权益状况的证据，如村委会出具的证明、相邻权人的证言等，以确保在土地征用时能够获得合理的补偿。

2. 收集其他证据辅助证明转让事实

   • 由于原始买卖协议丢失，为了证明宅基地的多次转让过程以及你最终取得合法使用权益，需要收集其他相关证据。例如，可以寻找曾经的中间人、见证人，让他们出具书面证言，证明转让的具体情况，包括转让的时间、价格、双方当事人等信息。
   • 另外，还可以收集与转让相关的付款凭证，如银行转账记录、收据等，这些凭证可以证明你为取得宅基地使用权支付了相应的对价。同时，如果曾经有过与转让相关的通信记录，如短信、邮件等，也可以作为辅助证据，进一步证明转让事实的存在。

3. 与相关部门沟通协商

   • 在土地被征用时，及时与当地的土地管理部门、征用部门等进行沟通协商。向他们说明宅基地的转让情况以及现有证件的情况，提供你所收集到的其他证据，争取让他们认可你对宅基地的合法使用权益。
   • 在协商过程中，要了解土地征用的具体政策和补偿标准。不同的地区可能会有不同的政策规定，例如补偿方式可能包括货币补偿、安置补偿等。你可以根据自身的实际情况和政策要求，与相关部门协商确定合理的补偿方案。如果对补偿方案存在异议，可以依法申请行政复议或者提起行政诉讼，维护自己的合法权益。

4. 关注转让的合法性对征用补偿的影响

   • 农村宅基地的转让需要符合相关的法律规定。如果多次转让过程中存在违反法律强制性规定的情况，如转让给非本集体经济组织成员等，可能会影响你在土地征用中的补偿权益。
   • 如果转让行为存在瑕疵，但并非完全无效，相关部门可能会根据具体情况对补偿金额进行适当调整。在这种情况下，你需要积极配合相关部门的工作，提供相关的解释和证据，争取最大程度地维护自己的利益。同时，也可以咨询专业的法律人士，了解在这种情况下如何通过法律途径来保障自己的权益。