在医疗损害责任纠纷中，若医疗机构被鉴定为承担次要责任，其赔偿金额将依据实际损害程度、双方过错比例及法律法规综合确定。以下是对此类情况的综合分析与解答：

一、赔偿项目与计算标准

依据《中华人民共和国民法典》及相关法律法规，医疗损害赔偿项目主要包括：

1. 医疗费：按治疗医疗事故所致人身损害发生的医疗费用计算，不包括原发病费用。后续治疗费按基本医疗费用支付。
2. 误工费：根据患者固定收入或医疗事故发生地上一年度职工年平均工资计算。具体公式为：误工费 = 误工时间 × 每日收入（固定收入者）或 医疗事故发生地上一年度职工年平均工资 ÷ 365 × 误工时间（无固定收入者）。
3. 住院伙食补助费、陪护费：按医疗事故发生地国家机关一般工作人员出差标准计算。
4. 残疾生活补助费：根据伤残等级和居民年平均生活费计算，最长赔偿30年，60岁以上递减。具体公式为：残疾生活补助费 = 居民年平均生活费 × 伤残等级系数 × 赔偿年限。
5. 残疾用具费：凭医疗机构证明，按普及型器具费用计算。
6. 丧葬费、被扶养人生活费：按规定标准计算。丧葬费通常按照医疗事故发生地规定的丧葬费补助标准计算；被扶养人生活费则根据被扶养人的年龄、劳动能力及户籍所在地或居所地居民最低生活保障标准计算。
7. 交通费、住宿费：按患者实际必需费用计算，凭据支付。
8. 精神损害抚慰金：按居民年平均生活费计算，最长不超过6年（死亡）或3年（残疾）。具体金额由法院根据案件实际情况酌情判定。

二、责任比例确定

次要责任的赔偿比例在法律上并无明确统一规定，司法实践中一般在20%-40%之间，具体考虑因素包括：

• 医疗过失行为参与度：过失行为对损害结果影响越小，赔偿比例越低。例如，若医疗过失行为对损害结果的参与度仅为20%，则赔偿比例可能相应较低。
• 损害后果严重程度：损害后果越严重，赔偿比例可能适当提高以体现公平。但需注意，这并不意味着损害后果越严重，赔偿比例就一定越高，还需综合考虑其他因素。
• 医疗机构过错程度：违规操作情节、疏忽大意程度等越严重，赔偿比例越高。例如，若医疗机构存在严重违规操作行为，导致患者损害后果加重，则赔偿比例可能相应较高。

三、赔偿流程

1. 确定责任比例：通过医疗损害鉴定明确医疗机构责任比例。这是赔偿流程中的关键一步，直接影响到后续赔偿金额的计算。
2. 计算实际损失：核算患者因医疗损害导致的各项经济损失和精神损害。这包括收集相关证据、计算各项费用等。
3. 协商或诉讼：双方可尝试协商解决；协商不成，患者可通过法律途径提起诉讼。在协商过程中，双方可以就赔偿金额、支付方式等事项进行协商；若协商无果，则患者可以向人民法院提起诉讼。
4. 法院裁决：法院根据鉴定结果、证据和法律法规作出最终裁决。法院将综合考虑双方的主张、证据及法律法规的规定，作出公正合理的裁决。
5. 执行赔偿：判决生效后，医疗机构履行赔偿责任，支付赔偿款项。若医疗机构未按时履行赔偿责任，患者可以向人民法院申请强制执行。

四、注意事项

• 具体赔偿标准和流程可能因地区、案情及法律法规不同而有所差异。因此，在处理此类问题时，需根据具体情况进行具体分析。
• 在处理医疗损害赔偿问题时，应保留好相关证据，如医疗记录、费用票据等。这些证据将有助于证明患者的损害后果、医疗机构的过错行为及赔偿金额的计算依据等。
• 若患者对赔偿金额或责任比例有异议，可以及时向我咨询，我将根据具体情况提供专业的法律意见和帮助。

综上所述，医疗损害责任纠纷中医疗机构承担次要责任时的赔偿确定是一个复杂而细致的过程。需综合考虑多个因素并遵循相关法律法规进行妥善处理。若您在此类问题上遇到困惑或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。