如果车主不同意交强险赔付，保险公司是否会赔付需分情况讨论：

1. 事故责任明确且属于交强险赔付范围
   若事故责任清晰（如车主全责或部分责任），且损失属于交强险的赔偿范围（如医疗费、财产损失等），保险公司仍需在交强险限额内赔付。交强险的赔付具有法定性，其目的是保障受害方的基本权益，不因车主个人意愿而免除保险公司的赔付义务。车主的“不同意”可能涉及对赔付金额、责任划分等有异议，但这不影响保险公司依法履行赔付责任。

2. 车主对事故责任或赔付范围有争议
   若车主认为事故责任不在己方，或认为某些损失不属于交强险赔付范围（如故意制造事故、酒驾等免责情形），保险公司可能暂缓赔付或拒绝赔付。此时需通过交警部门出具的事故责任认定书、法院判决等法律文书明确责任。若最终认定车主需承担责任，保险公司仍需在交强险限额内赔付；若认定车主无责，则由对方车辆的交强险赔付或车主无需承担赔付责任。

3. 车主拒绝配合保险公司理赔流程
   若车主因个人原因拒绝提供理赔所需材料（如事故证明、医疗单据等），或拒绝签署赔付协议，保险公司可能无法完成赔付程序。但需注意，若保险公司已依法收集到足够证据证明赔付义务存在（如通过第三方调查、法院协助执行等），仍可能直接向受害方赔付，并后续向车主追偿。

建议：

• 若车主对交强险赔付有异议，应第一时间与保险公司沟通，明确争议点（如责任划分、赔付范围等），并要求保险公司出具书面说明。
  
• 若协商无果，可向当地银保监会投诉或通过诉讼解决。交强险的赔付标准、免责情形等均有明确法律规定，法院会依法裁判。
  
• 车主需注意，交强险的赔付不因个人意愿转移，拒绝赔付可能面临法律强制执行（如工资扣划、财产冻结等）。
  

如有进一步疑问，可直接向我咨询具体场景下的处理方式。