签订征地补偿协议通常应在省级政府批复征地申请后进行，但具体程序需结合地方性法规及项目实际情况综合判断。以下从法律程序、地方性差异、特殊情形三个维度展开分析：

一、法律程序层面的核心要求

根据《土地管理法》第47条及《土地管理法实施条例》第25条，征地补偿协议签订需以省级政府批准征地方案为前提：

1. 审批前置性
   省级政府作出征地批复后，市、县级政府方可组织实施征地，包括拟定补偿安置方案、公告并听取被征地集体及农民意见。补偿协议作为征地实施环节的核心文件，其签订时间必然晚于省级批复时间。

2. 程序合法性风险
   若在省级批复前签订补偿协议，可能因违反”先审批后实施”原则被认定为程序违法，导致协议效力存疑。实践中已出现因未获省级批复即签订协议，被法院判决撤销补偿决定的案例（如（2020）最高法行再123号）。

二、地方性法规的差异化规定

部分省份通过地方立法对补偿协议签订时间作出细化：

1. 批复后公告期内签订
   如《广东省土地管理条例》第32条明确，补偿协议应在省级批复后，市、县政府发布征地公告之日起30日内签订，逾期未签订的由政府作出补偿决定。

2. 预征收协议的例外情形
   浙江、江苏等地允许在省级批复前签订”预征收协议”，但需满足两个条件：

   • 协议明确约定”以省级批复为准”的生效条款
     
   • 最终补偿标准不低于省级批复后公布的区片综合地价
     此类协议在省级批复后自动生效，但若未获批准则协议失效。

三、特殊项目中的程序变通

1. 国家重点建设项目
   根据《大中型水利水电工程建设征地补偿和移民安置条例》，水利项目可采取”边审批边实施”的特殊程序，但需经国务院批准且签订意向性协议，补偿协议仍需在省级批复后最终确定。

2. 紧急用地情形
   在疫情防控、抢险救灾等紧急状态下，可依据《土地管理法》第58条先行用地，但需在省级批复后6个月内补办手续，补偿协议签订时间相应顺延。

实务建议：

1. 被征地方应要求征收方出示省级批复文件后再签订协议，避免程序瑕疵导致权益受损
   
2. 协议中应明确约定”补偿标准以省级批复后公布的区片综合地价为准”的条款
   
3. 若发现征收方未批先征，可向自然资源部门举报或通过行政复议、诉讼途径维权
   

如需进一步分析具体项目的补偿协议合法性，可提供省级批复文号、协议签订时间等关键信息，我将结合《自然资源部关于规范征地管理工作的通知》等最新文件进行专项论证。