不注销以您为法人的店铺营业执照，确实可能存在一系列问题，我建议您尽快处理相关注销事宜。以下是从不同角度为您详细分析的法律后果和建议：
一、法律责任角度
民事责任：
- 如果店铺在分居期间继续经营并产生债务，由于您是营业执照上的法人，根据《中华人民共和国公司法》及相关法律规定，您可能需要承担相应的民事责任。这意味着，如果店铺无法偿还债务，债权人可能会向您追偿。
行政责任：
- 根据《中华人民共和国公司登记管理条例》等相关规定，公司歇业、被吊销营业执照或其他原因终止营业的，应当依法办理注销登记。如果您未按时办理注销登记，工商行政管理部门可能会对您进行行政处罚，如罚款、吊销营业执照（如果营业执照本身有效但未注销且存在违规行为）等。
刑事责任（极端情况下）：
- 在极端情况下，如果店铺存在严重的违法行为（如偷税漏税、非法经营等），且您作为法人未履行相应的管理责任或知情不报，您可能会面临刑事责任的追究。虽然这种情况较为罕见，但一旦发生，后果将非常严重。
二、实际运营角度
影响个人信用：
- 未注销的营业执照可能会与您的个人信用记录相关联。如果店铺存在未了结的债务或法律纠纷，这可能会影响您的个人信用评分，进而影响您未来的贷款、信用卡申请等金融活动。
阻碍新业务开展：
- 如果您计划未来开展新的业务或成立新的公司，未注销的营业执照可能会成为障碍。因为在进行工商注册时，系统可能会显示您已有未注销的营业执照，从而影响新业务的注册进程。
三、建议与措施
尽快办理注销登记：
- 我建议您尽快与您的丈夫协商，共同办理店铺的注销登记手续。这包括清算店铺的资产和负债、缴纳应缴税款、办理税务注销等步骤。只有完成这些手续，您才能彻底摆脱作为法人的法律责任。
咨询专业机构：
- 在办理注销登记过程中，您可能会遇到各种复杂的问题和手续。为了确保注销过程的顺利进行，我建议您咨询专业的工商代理机构或律师事务所，他们可以提供专业的指导和帮助。
保留相关证据：
- 在办理注销登记前，请务必保留好与店铺经营相关的所有证据和文件，如合同、发票、银行流水等。这些证据可能在未来的法律纠纷中起到关键作用。
总结来说，不注销以您为法人的店铺营业执照确实存在诸多风险和问题。为了保障您的合法权益和避免不必要的法律纠纷，我强烈建议您尽快办理注销登记手续。如果您在办理过程中遇到任何问题或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。