非法占用林地，国土资源部门（现多指自然资源部门）确实可以依据相关法律法规进行处罚。以下是对此问题的详细分析：

一、法律依据与部门职责

1. 《中华人民共和国森林法》：该法明确规定了非法占用林地的法律责任。未经县级以上人民政府林业主管部门审核同意，擅自改变林地用途的，由林业主管部门责令限期恢复植被和林业生产条件，并可处以罚款。同时，若虽经林业主管部门审核同意，但未办理建设用地审批手续擅自占用林地的，则依照《中华人民共和国土地管理法》的有关规定处罚。

2. 《中华人民共和国土地管理法》：该法涉及对非法占用土地（包括林地）的处罚规定。自然资源部门作为土地资源的管理部门，有权对非法占用土地的行为进行查处，包括责令退还非法占用的土地、拆除在非法占用的土地上新建的建筑物和其他设施等。

3. 部门职责：林业主管部门主要负责森林资源的管理与监督，对非法占用林地、改变林地用途等行为进行查处。而自然资源部门则负责土地资源的统一管理和监督，对涉及土地利用总体规划、土地审批等事项违法的行为进行查处。

二、处罚措施与流程

1. 林业主管部门的处罚：

   • 责令停止违法行为、限期恢复原状。
   • 并处非法改变用途林地每平方米10元至30元的罚款（根据《中华人民共和国森林法实施条例》第四十三条）。
   • 若造成林木毁坏，还需责令补种树木，并可处毁坏林木价值五倍以下的罚款。

2. 自然资源部门的处罚：

   • 当非法占用林地的行为涉及土地利用总体规划、土地审批等事项违法时，自然资源部门可依据《中华人民共和国土地管理法》进行处罚。
   • 处罚措施包括责令退还非法占用的土地、拆除在非法占用的土地上新建的建筑物和其他设施等。

3. 涉嫌犯罪的处理：

   • 若非法占用林地的行为涉嫌犯罪，如非法占用农用地罪，林业主管部门或自然资源部门会将案件移送公安机关立案侦查。
   • 公安机关将展开调查，收集证据，确定犯罪嫌疑人。
   • 检察机关随后会提起公诉，指控犯罪嫌疑人的罪行。
   • 法院最终进行审判，根据事实和法律对犯罪嫌疑人定罪量刑。

三、特殊情况与注意事项

1. “一事不再罚”原则：

   • 对同一违法行为，不得给予两次及以上罚款的行政处罚。若林业部门已对非法占用林地行为进行了罚款等处罚，且该处罚已涵盖所有违法事实，则自然资源部门通常不应再次就同一行为进行罚款。
   • 但若违法行为存在不同方面或不同法律事实，如既违反了林地管理规定又违反了土地利用总体规划，则自然资源部门可依法对未被林业部门处罚涵盖的部分进行处罚。

2. 部门沟通与协作：

   • 林业部门和自然资源部门在执法过程中应加强沟通与协作，确保对违法行为的处罚既符合法律法规要求，又避免重复处罚或遗漏处罚。

3. 公众举报与监督：

   • 公众在发现非法占用林地行为时，应向当地的林业局或自然资源部门举报。这些部门将及时受理举报，并进行调查处理，确保林地的合法使用和保护。

总结与建议：非法占用林地是违法行为，将受到林业主管部门和自然资源部门的严厉处罚。若您或他人涉及此类行为，建议立即停止违法行为，并主动与相关部门沟通，寻求合法解决方案。同时，若您发现非法占用林地行为，也请积极向相关部门举报，共同维护林地的安全和稳定。如有任何法律疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。