可以办理结清证明，但需满足特定条件并履行相应程序。具体分析如下：

1. 结清证明的办理前提
   结清证明是银行或金融机构出具的，证明持卡人已全额偿还信用卡欠款的书面文件。若营业执照办理的信用卡（即以企业名义申请的商务卡）已还清逾期欠款，银行有义务根据持卡人申请出具结清证明。但需注意：

   • 逾期款项必须已全额结清（包括本金、利息、违约金等）；
     
   • 需向发卡行提出书面申请（部分银行支持线上申请）；
     
   • 银行审核通过后才会出具证明，审核周期通常为3-7个工作日。

2. 营业执照对办理的影响
   商务卡以企业资质申请，结清证明的办理流程与个人卡基本一致，但需注意：

   • 企业主体资格：若企业已注销或营业执照被吊销，银行可能拒绝出具证明（需先恢复企业主体资格或提供注销证明）；
     
   • 授权文件：若由代理人申请，需提供企业授权委托书及代理人身份证明；
     
   • 用途说明：部分银行可能要求说明结清证明的用途（如贷款、招投标等），需提前准备相关材料。

3. 逾期记录对证明的影响
   结清证明仅证明欠款已还清，不消除逾期记录。若逾期已上报征信系统，即使结清，记录仍会保留5年（根据《征信业管理条例》）。但结清证明可辅助说明：

   • 逾期非恶意拖欠（如因临时资金周转问题）；
     
   • 持卡人已履行还款义务，降低后续合作方对信用风险的担忧。

行动建议：

1. 联系发卡行客服，确认结清证明的申请流程及所需材料；
   
2. 若企业主体资格有变化，先处理工商变更或注销手续；
   
3. 保留还款凭证（如转账记录、银行对账单），作为结清证明的补充材料。
   

如有其他细节需进一步分析（如逾期时长、银行政策差异等），可直接向我咨询。