销售特殊化妆品超过备案期仍然在销售，属于违规行为，将面临一系列严格的法律处罚。以下是对此问题的详细分析：
一、法律依据与违规性质
根据《化妆品监督管理条例》的相关规定，化妆品应当按照规定进行备案，备案过期后继续销售属于违规行为。特殊化妆品作为化妆品的一种，同样需要遵守这一规定。备案过期意味着该产品可能未经最新的安全性评估和监管审核，存在潜在的安全风险，因此，销售备案过期的特殊化妆品是违法的。
二、具体处罚规定
基础处罚：
- 由负责药品监督管理的部门没收违法所得、违法经营的化妆品，以及可能涉及的专门用于违法经营的工具、设备、原材料等物品。
- 违法经营的化妆品货值金额不足1万元的，并处以1万元以上3万元以下的罚款；货值金额1万元以上的，则处以货值金额3倍以上10倍以下的罚款。
情节严重时的处罚：
- 若情节严重，将被责令停产停业。
- 备案部门将取消该产品的备案，或由原发证部门吊销化妆品生产许可证、化妆品经营许可证。
- 对违法单位的法定代表人、主要负责人、直接负责的主管人员和其他直接责任人员，将处以其上一年度从本单位取得收入的1倍以上3倍以下的罚款，且10年内禁止其从事化妆品生产经营活动；若构成犯罪，还将依法追究刑事责任。
三、实际处罚考量因素
在实际执法过程中，负责药品监督管理的部门会综合考虑多种因素来确定具体的处罚措施，包括但不限于：
- 货值金额：销售化妆品的总价值是决定罚款幅度的重要依据，货值越高，罚款通常也会相应增加。
- 违法情节：如是否为初次违法、是否及时停止违法行为、是否积极配合调查等。对于初次违法且情节较轻，并主动采取措施消除危害后果的，可能会从轻或者减轻处罚。
- 危害后果：如果销售备案过期化妆品导致了消费者健康损害等严重后果，处罚将会更加严厉。
四、建议与防范措施
作为化妆品的销售者，应严格遵守相关法律法规，确保产品的合法性和安全性。具体措施包括：
- 定期检查：定期检查化妆品的备案状态，确保备案信息有效且及时更新。
- 及时更新：一旦发现化妆品备案过期，应立即停止销售，并按照规定重新进行备案或更新备案信息。
- 加强管理：建立并执行完善的进货查验记录制度、产品追溯制度及生产质量管理规范，加强内部管理，避免类似问题再次发生。
总结来说，销售特殊化妆品超过备案期仍然在销售，将面临没收违法所得、罚款、责令停产停业、取消备案或吊销许可证等处罚，情节严重的还可能追究刑事责任。因此，务必加强合规意识，确保产品备案的有效性，以保障企业的合法权益和消费者的安全健康。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。