驾驶机动车违反交通信号灯通行，一般情况下会被扣6分，并处以20元以上200元以下的罚款。不过，具体扣分和罚款情况还需根据违法行为的性质、车辆类型以及道路类型等因素来综合判断。以下是对此问题的详细分析：
一、基本处罚规定
根据《道路交通安全违法行为记分管理办法》以及《中华人民共和国道路交通安全法》的相关规定，驾驶机动车不按交通信号灯指示通行的行为，即通常所说的“闯红灯”，一次将被扣除6分，并处以20元以上200元以下的罚款。这一规定体现了交通法规对驾驶人遵守信号灯的严格要求，旨在保障道路交通的安全与秩序。
二、特殊情况下的扣分与处罚
特殊车辆与道路类型：
- 如果驾驶的是校车、中型以上载客载货汽车、危险物品运输车辆，在高速公路、城市快速路上行驶时闯红灯，则一次扣9分，并处以相应的罚款。
可撤销处罚的特殊情况：
- 被大型车辆遮挡视线：若前方有大型车辆（如公交车）遮挡，导致后车驾驶人无法清晰观察信号灯而误闯红灯，这种情况可以向交警部门申诉，并提供相关证据。经核实后，处罚有可能会被撤销。
- 因紧急避险：在为了避让执行紧急任务的警车、消防车、救护车等特种车辆，或者为了送突发疾病的人员去医院等紧急情况下而闯红灯，只要提供相关证据并经过核实，也有可能免予处罚。
- 交通信号故障：当信号灯出现故障，如两个方向同时亮绿灯或红灯等异常情况时，如果因此闯红灯，并且能够提供证据证明信号灯确实存在故障，那么一般不会被认定为违法。
- 交警指挥与信号灯不一致：在有交警现场指挥交通的路口，驾驶人应优先遵循交警的指挥。如果交警的指挥与信号灯指示不一致，导致驾驶人闯红灯，这种情况下也不会受到处罚。
三、其他相关违法行为及扣分情况
除了闯红灯外，还有其他一些与交通信号灯相关的违法行为，如不按导向车道行驶、违反禁止标线指示等，这些行为的扣分情况也有所不同：
- 不按导向车道行驶：此类行为一般一次记1分。
- 违反禁止标线指示：违反禁止标线指示通行的，一次记1分。例如，压黄实线转弯、在禁止掉头的路段掉头等都属于此类违法行为。
四、法律建议与注意事项
- 严格遵守交通规则：驾驶人应深刻认识到违反交通信号灯通行的严重性，这种违法行为极易引发交通事故，威胁自己和他人的生命财产安全。只有严格遵守交通规则，才能确保道路交通的安全和顺畅。
- 了解特殊情况下的处理流程：在遇到特殊情况时，如被大型车辆遮挡视线、因紧急避险而闯红灯等，驾驶人应了解相关法律法规和申诉流程，以便合理维护自己的合法权益。
- 保持冷静与理性：如果对交通违法行为的处罚有异议，建议及时向当地交警部门提出申诉，并提供充分的证据来支持自己的主张。申诉时应保持冷静和理性，尊重执法人员的判断。
综上所述，驾驶机动车违反交通信号灯通行，一般情况下会被扣6分并处以罚款。但具体扣分和罚款情况还需根据违法行为的性质、车辆类型以及道路类型等因素来综合判断。驾驶人应严格遵守交通规则，确保行车安全；同时，在遇到特殊情况时也应了解相关法律法规和申诉流程。如果你有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。