当犯罪嫌疑人在取保候审期间被发现有重大疾病时，检察院会结合法律规定和案件具体情况进行一系列处理。以下是一个清晰、详细且有深度的解答：
一、及时告知检察院病情
法律依据： 根据《中华人民共和国刑事诉讼法》第七十一条，被取保候审的犯罪嫌疑人、被告人有义务遵守相关规定，并在患有严重疾病等特殊情况时，及时向执行机关报告。
具体操作： 一旦犯罪嫌疑人被确诊患有重大疾病，应尽快通过书面或口头形式向负责案件的检察院报告病情。建议撰写一份详细的病情说明，附上医院的诊断证明、病历等相关材料，以证明病情的严重性和真实性。这些材料将有助于检察院全面了解情况，并作出合理的决策。
二、申请变更强制措施
法律依据： 根据《刑事诉讼法》的相关规定，对于患有严重疾病、生活不能自理的犯罪嫌疑人，如果采取取保候审不致发生社会危险性，可以维持取保候审；但如果病情加重，不适宜继续取保候审，犯罪嫌疑人或其辩护人、近亲属可以申请变更为监视居住等其他强制措施。
具体操作：
准备申请材料：
提交申请： 将准备好的申请材料提交给检察院，并按照检察院的要求进行补充和完善。确保申请材料的完整性和准确性，以便检察院能够全面了解情况。
等待审批结果： 检察院会对申请进行审查，综合考虑案件的具体情况、犯罪嫌疑人的病情、社会危险性等因素，决定是否变更强制措施。如果批准变更，检察院会按照新的强制措施执行相关规定；如果不批准，检察院也会说明理由，犯罪嫌疑人可以据此进行进一步的申诉或采取其他合法措施。
三、积极配合治疗和监管
配合治疗： 无论检察院是否批准变更强制措施，犯罪嫌疑人都应积极配合医院进行治疗，争取早日康复。同时，要注意保留好相关的医疗记录和费用单据，以备后续可能需要的情况，如申请法律援助、索赔等。
遵守监管规定： 即使在患病期间，犯罪嫌疑人也不能忽视取保候审的相关规定。要按时向检察院报到，保持通讯畅通，不得擅自离开居住地等。如有特殊情况需要外出就医或处理其他紧急事务，应提前向检察院申请并获得批准。这是维护法律秩序和保障案件顺利进行的重要一环。
综上所述，当犯罪嫌疑人在取保候审期间被发现有重大疾病时，应及时告知检察院病情、申请变更强制措施（如必要），并积极配合治疗和监管。这些措施将有助于保障犯罪嫌疑人的合法权益，同时确保案件的顺利进行。