结论：红灯闯一半停了是否会被扣分，取决于车辆的具体位置及行为。若后轮已过停止线并继续行驶，则通常会被认定为闯红灯并扣分；若后轮未过停止线且及时停下，虽不会被按闯红灯扣分，但可能因越线停车而受到处罚。若您认为处罚不当，可以按照以下步骤进行申诉。
一、扣分情况分析
后轮已过停止线：
- 如果车辆在红灯亮起时前轮和后轮都已越过停止线（即整车已越过停止线），并且没有立即停下而是继续行驶，那么这将被认定为闯红灯。依据《道路交通安全违法行为记分分值》第二条，驾驶机动车违反道路交通信号灯通行的，一次记6分。
后轮未过停止线：
- 如果车辆在红灯亮起时只是前轮越过了停止线，但后轮未过停止线，并且立即停住了，那么这种情况通常不会被认定为闯红灯，因此不会按闯红灯扣分。
- 然而，这种行为仍属于越线停车，违反了《中华人民共和国道路交通安全法》中关于道路通行的规定。根据该法第九十条，机动车驾驶人违反道路交通安全法律、法规关于道路通行规定的，处警告或者二十元以上二百元以下罚款，并根据具体地区的规定可能会被扣分（非闯红灯的扣分）。
二、申诉流程
若您认为自己的行为并未构成闯红灯或越线停车，或者存在特殊情况（如前方车辆急刹车、行人突然横穿等不可抗力导致），您可以按照以下步骤进行申诉：
确认违章信息：
- 收到交通违章通知后，应仔细核对违章的时间、地点、行为等信息，确保无误。
准备申诉材料：
- 驾驶证和行驶证：提供原件及复印件，以证明您的驾驶资格和车辆信息。
- 违章通知单：提供原件或复印件，作为申诉的基础依据。
- 证据材料：包括清晰的事件照片或视频，展示车辆在红灯亮起时的具体位置和停车情况；行车记录仪视频（如果可用）；目击证人证言（如果有的话）；特殊情况证明（如医院证明、单位证明等，如果适用）。
- 申诉书：撰写一份详细的申诉书，说明申诉的理由、依据以及希望得到的处理结果。申诉书应客观、真实地陈述情况，并附上所有相关证据材料。
选择申诉渠道：
- 线上申诉：登录当地交通管理部门的官方网站或使用相关交通管理App（如交管12123APP），在违章处理板块中找到申诉入口，按照提示填写申诉信息，上传申诉材料，并提交申诉。
- 线下申诉：前往当地交通管理部门的违法处理窗口或车管所，填写申诉申请表，并提交所有准备好的申诉材料。
- 电话申诉（部分地区提供）：拨打指定的申诉电话进行咨询和申诉，按照电话指示提供相关信息和材料。
等待并跟进处理结果：
- 交通管理部门在收到申诉后，会对申诉进行审核。审核时间一般在几个工作日至几周不等，具体时间取决于当地的工作效率和申诉的复杂程度。
- 在等待期间，您可以通过线上查询、电话咨询或前往窗口等方式了解申诉的处理进度。
接收并处理最终结果：
- 申诉成功：如果申诉成功，交通管理部门会撤销违章记录，并通过电话或书面形式通知您。此时，您的违规记录将被清除。
- 申诉失败：如果申诉失败，交通管理部门会给出申诉失败的理由，并维持违章记录。此时，您可以考虑通过行政复议或行政诉讼等法律途径进一步维护自己的合法权益。
三、法律依据
- 《道路交通安全违法行为记分分值》第二条：驾驶机动车违反道路交通信号灯通行的，一次记6分。
- 《中华人民共和国道路交通安全法》第九十条：机动车驾驶人违反道路交通安全法律、法规关于道路通行规定的，处警告或者二十元以上二百元以下罚款。本法另有规定的，依照规定处罚。
在整个申诉过程中，请务必保持材料的完整性和真实性，以便交通管理部门能够准确地审核和处理申诉。同时，保持良好的沟通态度也是提高申诉成功率的重要因素之一。如果您在申诉过程中遇到任何问题或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。