员工在职期间申请仲裁，公司通常会在5个自然日（工作日）内得知相关情况。以下是对这一问题的详细分析：

一、仲裁委的通知义务与流程

1. 立案通知：根据《劳动争议调解仲裁法》的规定，仲裁委员会在收到仲裁申请后，会进行审查。若申请符合受理条件，仲裁委员会将在5日内作出决定，并通知申请人。虽然此阶段并未直接要求通知被申请人（即公司），但在实际操作中，仲裁委员会通常会同步告知双方，以确保程序的公正性和透明度。

2. 送达程序：一旦仲裁申请被正式受理，仲裁委员会会向被申请人（公司）送达申请书副本及应诉材料。这一步骤是确保公司知晓被诉事实及答辩权利的重要环节。送达程序通常会在立案后的3-7个工作日内完成，因此公司通常在这个时间段内会收到通知。

二、实际通知时间的差异

1. 常规流程：在大多数情况下，仲裁委员会能够在立案后的3-7个工作日内完成材料送达，公司因此会在这个时间段内得知员工申请了仲裁。

2. 特殊情况：然而，也存在一些特殊情况可能导致通知时间延长。例如，如果公司的地址不明或存在送达障碍（如公司搬迁、无人接收等），仲裁委员会可能需要更长的时间来送达材料。此外，如果案件涉及材料补正、管辖权争议等程序问题，通知时间也可能会相应推迟。

三、法律建议与后续行动

1. 及时应诉：一旦公司收到仲裁委员会的通知，应当及时准备应诉材料，并在规定的时间内提交答辩意见。这有助于维护公司的合法权益，避免因未及时应诉而导致的不利后果。

2. 寻求法律帮助：如果公司对仲裁程序或相关法律问题存在疑问，可以寻求专业律师的帮助。律师能够提供专业的法律意见和指导，帮助公司更好地应对仲裁程序。

3. 积极协商：在仲裁程序进行期间，公司也可以与员工进行协商，尝试通过和解的方式解决争议。这有助于节省时间和成本，同时维护双方的关系。

总结来说，员工在职期间申请仲裁后，公司通常会在5个自然日（工作日）内得知相关情况。但具体时间可能因地区、案件复杂程度等因素而有所差异。如果公司收到仲裁通知，应当及时应诉并寻求法律帮助，以维护自身的合法权益。如果有任何法律问题或需要进一步的法律咨询，请直接向我提问。