合同章盖的不清楚，合同是否有效需结合具体情况判断。以下是从不同角度对这一问题的详细分析：
一、一般情况下合同仍然有效
法律基础：
- 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，民事法律行为要有效，需满足行为人具有相应的民事行为能力、意思表示真实、不违反法律行政法规的强制性规定且不违背公序良俗等条件。公章只是公司意思表示的一种外在形式，并非合同有效的唯一决定因素。
实际履行情况：
- 如果合同双方已经按照合同约定完成了交易，如交付货物和支付货款，且合同内容真实、合法，那么即使公章盖得有些模糊，也不应影响合同的效力。因为盖章模糊可能仅是形式上的瑕疵，并不足以否定双方当事人达成的合意以及合同内容的合法性和有效性。
二、可能影响合同效力的情况
公章真实性产生争议：
- 如果一方当事人对模糊公章的真实性提出质疑，并且无法通过其他证据（如公章备案证明、公司曾使用该公章的其他文件等）来验证该公章的有效性，那么合同的效力就会处于不确定状态。此时，可能需要通过司法鉴定等法律程序来进一步确认公章的真实性，从而确定合同的效力。
无法体现公司真实意思表示：
- 如果有证据表明，公章的模糊是由于欺诈、胁迫等非法手段导致的，即盖章行为并非公司的真实意愿表达，那么根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，受欺诈或胁迫的一方有权请求人民法院或仲裁机构撤销该合同。一旦合同被撤销，它将自始没有法律约束力。
合同约定了生效条件：
- 如果合同中明确约定“本合同自双方签字且盖章后生效”，此时盖章不清楚且无法确认其真实性，可能会导致合同不满足约定的生效条件，进而影响合同的效力。在这种情况下，双方应重新确认合同的有效性或采取其他补救措施。
三、建议与防范措施
确保公章清晰可辨：
- 在签订合同时，应确保公章清晰可辨，避免使用磨损严重或质量不佳的印章。这可以减少因公章模糊而引发的合同纠纷。
补充或更换盖章：
- 如果发现合同上的公章盖得不清楚，应尽快与合同相对方进行沟通，说明情况并询问是否能接受重新盖章或提供其他证明文件来确认合同的有效性。如果条件允许，应重新在合同上清晰地盖章，特别是多页合同，需确保每一页都加盖骑缝章，并且印章要清晰可辨。
提供辅助证明材料：
- 若重新盖章不可行，可以寻找并提供其他证据来证明盖章主体的身份和合同的真实性。这些证据包括但不限于：盖章单位的营业执照副本复印件（加盖公章）、法定代表人身份证明、授权委托书等；以及双方在合同签订过程中的沟通记录、会议纪要、往来函件等。这些材料能够增强合同的可信度，证明合同是双方真实意思的表示。
寻求法律意见：
- 在处理此类问题时，如果感到困惑或不确定，可以直接向我咨询。我可以根据具体情况提供专业的法律建议，帮助评估风险并制定合适的解决方案。
综上所述，合同章盖的不清楚并不一定影响合同的效力，但确实可能在特定情况下引发法律问题。因此，在商业活动中，我们应谨慎对待每一个细节，确保合同的合法性和有效性。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。