结论：执业医师证注册在卫生室，但这些年未在卫生室上班，现在回来是否合法，需分情况讨论，主要取决于您是否违反了相关的执业规定以及卫生室的管理要求。

分析：

1. 执业规定角度：

   • 根据《中华人民共和国执业医师法》及相关规定，医师应当在其注册的执业地点、执业类别、执业范围内执业。如果您这些年未在注册的卫生室上班，但并未在其他未经注册的地点执业，且未违反其他执业规定（如未超出执业范围、未进行非法行医等），那么从执业规定的角度来看，您并未直接违法。
   • 然而，如果您长时间未在注册地点执业，且未按照相关规定办理变更注册或注销注册手续，这可能构成对执业管理规定的违反。具体来说，如果您打算继续在卫生室执业，应当确保您的执业注册状态是有效的，且符合当地卫生行政部门的管理要求。

2. 卫生室管理角度：

   • 卫生室作为您的注册执业地点，有权对其执业医师进行管理。如果您这些年未在卫生室上班，卫生室可能根据其内部管理规定，对您的执业状态进行调整或采取其他管理措施。
   • 在您回来继续执业前，建议您与卫生室进行沟通，了解其对您长时间未上班的具体看法和管理要求，以确保您的执业行为符合卫生室的管理规定。

3. 合法性判断与后续行动：

   • 如果您未违反执业规定，且卫生室也同意您继续执业，那么您回来继续在卫生室上班是合法的。
   • 如果您违反了执业规定或卫生室的管理要求，您可能需要先办理相关的变更注册、注销注册手续或接受卫生室的相应管理措施，然后再考虑是否继续在卫生室执业。

建议：

• 在您决定回来继续在卫生室上班前，建议您先查阅相关的执业医师管理规定和卫生室的管理制度，确保您的执业行为符合这些规定和制度。
• 与卫生室进行沟通，了解其对您长时间未上班的具体看法和管理要求，以及是否需要您办理相关的手续或接受相应的管理措施。
• 如果您在执业过程中遇到任何问题或疑虑，建议及时咨询当地卫生行政部门或专业律师，以获取更具体的法律指导和帮助。

可能后果：

• 如果您未按照相关规定办理变更注册或注销注册手续，或者违反了卫生室的管理规定，可能会面临卫生行政部门的处罚或卫生室的纪律处分。
• 如果您在未注册或超出注册范围的情况下进行执业活动，可能构成非法行医，将面临更严重的法律后果。