结论：在贪污100万后犯罪嫌疑人死亡的情况下，刑事诉讼程序将终止，但已查封、扣押、冻结的涉案财物及其孳息仍需依法处理，同时可能涉及民事赔偿或追缴违法所得的问题。
分析说明：
刑事诉讼程序的终止：
- 根据《中华人民共和国刑事诉讼法》的相关规定，在刑事诉讼过程中，如果犯罪嫌疑人、被告人死亡，且根据已查明的案件事实和认定的证据材料，能够确认其无罪的，应当宣告无罪；若不能确认无罪，则应当终止审理。在贪污案件中，若犯罪嫌疑人死亡，且无法确认其无罪，则刑事诉讼程序将终止。
涉案财物的处理：
- 尽管刑事诉讼程序终止，但对于已查封、扣押、冻结的涉案财物及其孳息，仍需依法处理。根据《中华人民共和国刑法》第六十四条的规定，犯罪分子违法所得的一切财物，应当予以追缴或者责令退赔；对被害人的合法财产，应当及时返还；违禁品和供犯罪所用的本人财物，应当予以没收。因此，在贪污案件中，即使犯罪嫌疑人死亡，其违法所得的财物仍需追缴或退赔。
民事赔偿与追缴违法所得：
- 如果贪污行为给国家或集体造成了经济损失，且犯罪嫌疑人有遗产，那么其遗产继承人或受遗赠人应在继承遗产的范围内承担赔偿责任。同时，如果犯罪嫌疑人的违法所得已被其挥霍或转移，且无法追回，那么可能无法直接实现追缴或退赔。但在某些情况下，如果能够通过其他途径（如查封、扣押、冻结其他财产等）追回部分或全部违法所得，那么仍应依法进行追缴或退赔。
特殊场景：
- 如果犯罪嫌疑人在贪污后死亡，但其家属或相关人员主动上交部分或全部贪污款项，那么这部分款项应被视为犯罪嫌疑人的退赔，并依法进行处理。
- 如果犯罪嫌疑人的贪污行为涉及多个共犯，且其他共犯仍在世，那么其他共犯仍需承担相应的刑事责任和民事赔偿责任。
行动建议：
- 对于涉及贪污案件的家属或相关人员，应尽快咨询专业律师，了解案件的具体情况和法律后果，以便采取合适的应对措施。
- 如果犯罪嫌疑人有遗产，且其贪污行为给国家或集体造成了经济损失，那么其遗产继承人或受遗赠人应积极配合相关部门进行赔偿或退赔工作。
- 对于已经查封、扣押、冻结的涉案财物及其孳息，应依法进行处理，确保国家或集体的利益不受损害。
如有更多关于职务犯罪辩护的法律问题，可以直接向我咨询。