容留非法行医的机构将面临严厉的行政处罚及可能的刑事处罚，具体如下：

一、行政处罚

1. 责令停止执业活动并没收非法所得：

   • 根据《医疗机构管理条例》和《中华人民共和国执业医师法》的相关规定，容留非法行医的机构，若其本身未取得《医疗机构执业许可证》或存在其他违规行为，县级以上人民政府卫生行政部门将责令其停止执业活动，并没收非法所得及药品、器械。

2. 罚款：

   • 对于容留非法行医的机构，卫生行政部门可根据其违法情节的严重程度，处以不同额度的罚款。具体来说，若机构未取得《医疗机构执业许可证》擅自执业，或医师未经注册取得执业证书从事医师执业活动，可处以1万元以下的罚款；若违法所得不足一万元，则按一万元计算，并处违法所得二倍以上十倍以下的罚款。对于擅自开办医疗机构或非医师行医的行为，罚款额度可高达十万元。

3. 吊销执业许可证：

   • 若容留非法行医的机构情节严重，如多次违规、造成严重后果等，卫生行政部门有权吊销其《医疗机构执业许可证》，剥夺其从事医疗活动的资格。

二、刑事处罚

1. 非法行医罪：

   • 若容留非法行医的机构或个人未取得医生执业资格，且非法行医行为情节严重，如造成就诊人轻度残疾、器官组织损伤导致一般功能障碍，或造成甲类传染病传播、流行等，将构成非法行医罪。根据《中华人民共和国刑法》第三百三十六条的规定，可处三年以下有期徒刑、拘役或者管制，并处或者单处罚金。

2. 严重损害就诊人身体健康或造成死亡的处罚：

   • 若非法行医行为严重损害就诊人身体健康，如造成就诊人中度以上残疾、器官组织损伤导致严重功能障碍，或造成三名以上就诊人轻度残疾等，将处三年以上十年以下有期徒刑，并处罚金。若造成就诊人死亡，则处十年以上有期徒刑，并处罚金。

三、民事赔偿责任

• 容留非法行医的机构若给患者造成人身损害或财产损失，还需承担民事赔偿责任。赔偿范围包括但不限于医疗费、误工费、护理费、交通费、住宿费、住院伙食补助费、必要的营养费等。若造成残疾或死亡，还需赔偿残疾赔偿金、残疾辅助器具费、丧葬费、死亡赔偿金等。

四、实际案例与法律适用

• 在实际案例中，容留非法行医的机构往往因追求经济利益而忽视法律风险，最终面临严厉的处罚。例如，某诊所因容留无医师执业资格的人员进行诊疗活动，被卫生行政部门查处并吊销了《医疗机构执业许可证》，同时相关责任人员也被追究了刑事责任。

总结与建议：

容留非法行医是严重的违法行为，不仅违反了国家法律法规，更可能对患者的生命健康造成严重威胁。因此，我建议医疗机构应严格遵守相关法律法规，确保所有从业人员均具备合法的执业资格。同时，对于发现的非法行医行为，应及时向相关部门举报以维护自身和他人的健康安全。若您在医疗医患领域遇到任何法律问题，可直接向我咨询，我将为您提供专业的法律意见和帮助。