结论：车辆违法已处理且扣分，但机动车仍显示违法未处理，可能涉及数据更新延迟、违法处理不彻底、警告处罚未处理、信息录入错误或系统故障等多种原因。以下是对这些可能原因的详细分析及解决建议：

一、可能原因分析

1. 数据更新延迟：

   • 交通违法处理系统存在数据同步的时间差，尤其是在处理高峰期或记分周期结束前后，数据更新可能滞后。
   • 跨地区交通违法处理的数据交互也可能因网络或系统原因出现延迟。

2. 违法处理不彻底：

   • 某些违法行为需完成多项步骤（如缴纳罚款、参加教育活动、提交相关证明等）才算处理完毕。若遗漏任何环节，系统仍会标记为未处理。
   • 罚款缴纳方式或时间问题也可能导致支付信息与交管系统不同步，如线上缴纳时网络故障或系统故障导致缴纳信息未能成功提交。

3. 警告处罚：

   • 交警给予的警告处罚虽不罚款也不扣分，但仍需车主前往交警部门完成违章处理程序，否则系统会持续显示违法未处理。

4. 信息录入错误或系统故障：

   • 交警部门在录入违法信息时可能出现错误，如车牌号码、违法记录编号等关键信息的录入错误，导致缴纳罚款后无法准确匹配对应的违法记录。
   • 交管系统本身的故障也可能导致数据显示异常。

二、解决建议

1. 耐心等待与复查：

   • 若怀疑是数据更新延迟，可等待3-5个工作日后再次通过官方渠道（如交管12123APP、交警部门官网等）查询违法处理状态。

2. 核实处理情况：

   • 前往当地交通违法处理窗口，提供车辆行驶证、驾驶证等相关证件，让工作人员核实实际处理进度，确认是否所有步骤均已完成。

3. 检查罚款缴纳：

   • 确认罚款是否已成功缴纳，可通过支付平台、银行或交管系统查询支付记录。若缴纳方式或金额有问题，需及时联系相关部门进行更正。

4. 提出申诉：

   • 若确认是信息录入错误或系统故障，应向交管部门提出申诉，要求更正错误信息。申诉时需提供相关证据，如缴纳凭证、违法记录截图等。

5. 特别关注警告处罚：

   • 对于警告处罚，即使不罚款不扣分，也需按程序前往交警部门处理，以免影响车辆年检或驾驶证换证等业务。

6. 注意系统更新与数据准确性：

   • 了解手机软件或查询系统的更新情况，避免因系统问题导致的误判。同时，定期核对车辆违法记录，确保数据的准确性。

三、重要提醒

• 在处理交通违法时，应确保所有步骤均已完成，避免遗漏导致处理不彻底。
• 若对违法记录有异议或认为处理不当，可及时向交管部门提出申诉或咨询专业律师（即我本人，黄龙辉律师，专注于刑事辩护、交通事故领域）以获取法律帮助。
• 定期关注车辆违法记录，及时处理未处理的违法事项，以免影响车辆的正常使用和驾驶证的换证等业务。

综上所述，面对车辆违法已处理但显示未处理的情况，车主应首先确认具体原因，然后按照相应建议进行处理。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。