结论：土地承包合同到期后，若地上物存在争议且争议持续五年，是否还能收取承包费，需根据具体情况判断，主要包括合同是否有续期约定、争议解决情况以及地上物归属等。以下为详细分析：
一、合同是否有续期约定
合同明确续期：
- 若原土地承包合同中明确约定了合同到期后的续期条件及承包费支付方式，且双方均同意按照原合同或续期合同执行，那么即使地上物存在争议，也不影响承包费的收取。但争议应尽快解决，以免影响合同的正常履行。
合同未明确续期：
- 若合同未明确续期，则合同到期后，双方的权利义务关系终止。此时，若地上物存在争议，且争议未解决，那么收取承包费将缺乏合同依据。但双方可协商续签合同或就地上物争议达成新的协议，以明确后续的权利义务关系。
二、争议解决情况
争议已解决：
- 若地上物争议已通过协商、调解、仲裁或诉讼等方式解决，且双方对解决结果无异议，那么可以根据解决结果确定是否收取承包费。若解决结果支持承包方继续使用土地及地上物，且合同有续期约定或双方达成新的协议，则承包方应支付承包费。
争议未解决：
- 若地上物争议持续五年仍未解决，且合同未明确续期或双方未达成新的协议，那么收取承包费将面临法律障碍。此时，建议双方尽快通过合法途径解决争议，以明确地上物的归属及后续的使用权问题。
三、地上物归属
地上物归承包方所有：
- 若根据合同约定或法律规定，地上物归承包方所有，且合同有续期约定或双方达成新的协议，那么承包方应继续支付承包费。但需注意，若地上物的存在影响了土地的正常使用或造成了其他损失，发包方有权要求承包方进行修复或赔偿。
地上物归属不明或归发包方所有：
- 若地上物归属不明或根据合同约定或法律规定归发包方所有，那么合同到期后，承包方应返还土地及地上物（或支付地上物的价值）。此时，若双方未就续期或地上物处理达成新的协议，则承包方无权继续收取承包费。
四、法律建议
协商解决：
- 双方应首先尝试通过协商解决争议，以明确地上物的归属及后续的使用权问题。协商过程中，可以邀请第三方参与调解，以促成双方达成一致意见。
寻求法律途径：
- 若协商无果，双方可以依法向农村土地承包仲裁委员会申请仲裁，或直接向人民法院提起诉讼。在仲裁或诉讼过程中，应提供充分的证据支持自己的主张，以维护自己的合法权益。
注意合同条款：
- 在签订土地承包合同时，应明确约定合同到期后的续期条件、承包费支付方式及地上物的归属等条款。以避免合同到期后因条款不明而产生争议。
总结：土地承包合同到期后地上物存在争议且争议持续五年时，是否还能收取承包费需根据合同是否有续期约定、争议解决情况以及地上物归属等具体情况判断。建议双方尽快通过协商或法律途径解决争议，以明确后续的权利义务关系。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。