间接持股股权的继承，主要遵循《民法典》继承编与《公司法》的相关规定，核心在于确认继承人的身份及股权变更的合法性，具体分以下情况处理：

1. 确认继承权与股权性质
   首先需明确被继承人间接持有的股权是否属于其遗产范围。若股权为被继承人生前合法取得（如通过投资协议、公司章程约定等），且未被设定抵押、质押等权利限制，则属于可继承财产。继承人需提供被继承人死亡证明、亲属关系证明（如户口本、公证书）等材料，证明其继承权。若存在多继承人，需协商分割或通过诉讼确定各自份额。

2. 间接持股的特殊性处理
   间接持股通常指通过控股公司、合伙企业等中间主体间接持有目标公司股权。此时需分两步操作：

   • 第一步：继承中间主体的权益
     若被继承人通过控股公司间接持股，继承人需先继承其在控股公司中的股权（或合伙份额），成为控股公司股东后，再通过控股公司行使对目标公司的股权。例如，A持有B公司100%股权，B公司持有C公司50%股权，A死亡后，继承人需先继承A在B公司的股权，再通过B公司间接持有C公司股权。
     
   • 第二步：目标公司股权变更登记
     继承人需向目标公司提交继承文件（如继承公证书、法院判决书），申请将原股东（被继承人）名下的股权变更至继承人名下。若目标公司章程对股权继承有特殊限制（如需其他股东同意），需按章程履行程序。

3. 公司章程或股东协议的优先性
   若目标公司章程或股东协议对股权继承有特别约定（如限制继承人成为股东、要求其他股东优先购买等），需优先遵守约定。例如，公司章程可能规定“股东死亡后，其股权由其他股东按出资比例购买”，此时继承人仅能获得股权转让款，而非直接继承股权。

4. 税务与工商变更
   股权继承可能涉及所得税（如股权增值部分需缴纳个人所得税）、印花税等税费，需按税务机关要求申报缴纳。完成继承手续后，需及时办理工商变更登记，将目标公司股东名册、公司章程等文件更新为继承人信息，确保股权权属清晰。

温馨提示：间接持股股权继承涉及多层法律关系，建议继承人先梳理股权结构（如绘制持股链条图），再按步骤办理继承手续。若遇公司章程限制或其他股东反对，可依法主张权利或协商解决。如有具体问题，欢迎随时向我咨询。