无照经营违法所得5万元，属于情节较为严重的无照经营行为，将面临没收违法所得、罚款等行政处罚，若构成犯罪还需承担刑事责任。具体处理方式如下：

1. 行政处罚：

   • 没收违法所得：根据《无证无照经营查处办法》第十三条，对于无照经营行为，由工商行政管理部门依法没收违法所得。因此，5万元的违法所得将被依法没收。
   • 罚款：除了没收违法所得外，工商行政管理部门还将根据违法情节的严重程度，对无照经营者处以罚款。对于违法所得5万元的情况，罚款金额可能较高，具体数额由工商行政管理部门根据实际情况决定，但通常不会低于违法所得的一定比例，甚至可能更高。

2. 刑事责任：

   • 如果无照经营行为构成犯罪：如非法经营罪等，那么除了行政处罚外，无照经营者还将面临刑事责任的追究。根据《中华人民共和国刑法》的相关规定，非法经营罪的刑罚包括有期徒刑、拘役和罚金等。
   • 具体判断标准：是否构成犯罪需根据无照经营的具体行为、违法所得数额、社会危害程度等因素综合判断。如果无照经营行为严重扰乱市场秩序，或者违法所得数额巨大，那么构成犯罪的可能性就较大。

3. 其他可能的处理措施：

   • 责令停止经营活动：工商行政管理部门在查处无照经营行为时，有权责令无照经营者立即停止经营活动。
   • 查封、扣押财物：对于用于无照经营的工具、设备、原材料、产品（商品）等财物，工商行政管理部门可以依法予以查封、扣押。
   • 信用惩戒：无照经营者的相关信息可能会被纳入信用记录，对其未来的经营活动产生不利影响。

建议：

• 立即停止无照经营行为：避免继续违法并减少可能的损失。
• 配合调查：如实向工商行政管理部门提供相关信息和资料，积极配合调查工作。
• 寻求法律帮助：如果对处理结果有异议或需要进一步的法律指导，可以及时向我咨询，我会根据你的具体情况提供专业的法律意见。