针对您提出的“与邻村的土地纠纷中，对方出具他们村的土地协议书与我的纠纷是否有效”的问题，这主要取决于该协议书的多个方面是否符合法律规定。以下是我为您详细分析的内容：
一、协议主体是否适格
首先，要确认协议书的签订双方是否具有相应的民事行为能力。在农村土地纠纷中，通常涉及的是具有完全民事行为能力的农户代表或法定代理人。如果协议中的一方或双方不具有相应的民事行为能力，比如是未成年人或精神病人，那么该协议可能无效。
二、意思表示是否真实
其次，要考察协议是否是双方自愿、平等、真实意愿的体现。如果协议是在欺诈、胁迫或存在重大误解的情况下签订的，那么该协议可能不是双方真实意思的表示，因此可能无效。例如，如果对方通过威胁或欺骗手段迫使您签订协议，那么该协议是不具有法律效力的。
三、内容是否合法合规
协议的内容也是判断其有效性的关键。协议内容不得违反法律、行政法规的强制性规定，也不得违背公序良俗，损害国家、集体或第三人的合法权益。在农村土地纠纷中，特别要注意的是土地用途是否合法，以及是否涉及非法转让或出让农村集体土地等行为。如果协议内容违反了这些规定，那么该协议是无效的。
四、形式是否符合法定要求
协议应采用书面形式，并由双方当事人签字或盖章确认。对于涉及土地权益变更的重要事项，书面形式是必要的，以避免后续争议。此外，如果协议中涉及需要办理批准、登记等手续的事项，这些手续也必须依法完成，否则可能影响协议的效力。
针对您的情况的具体分析：
如果对方出具的土地协议书满足上述所有条件，即主体适格、意思表示真实、内容合法合规、形式符合法定要求，那么该协议书在与您的纠纷中可能是有效的。
然而，如果协议书存在任何不符合上述条件的情况，比如主体不适格、意思表示不真实、内容违法违规或形式不符合法定要求，那么该协议书在与您的纠纷中可能是无效的。
建议：
在处理此类纠纷时，我建议您首先仔细审查对方出具的土地协议书，确认其是否满足上述所有条件。如果您对协议书的法律效力存在疑问，或者认为协议书存在无效的情形，我建议您咨询专业律师或法律机构以获取准确的法律意见和帮助。只有确保协议的有效性，才能更好地维护您的合法权益，避免后续的法律风险。