当事业单位职工被批捕时，单位需要依据相关法律法规及内部规定，采取一系列妥善且合法的处理措施。以下是对此问题的详细解答：

一、立即响应与初步核实

立即通知与核实：

• 单位在接到职工被批捕的通知后，应迅速将此事通知人事部门或主管领导，确保信息及时传递。
• 通过正规渠道核实批捕的具体原因、涉及的罪名以及法律程序等，以确保后续处理的准确性。这一步骤虽无直接法律规定，但属于单位内部管理和应对突发事件的常规做法。

二、停职与工资待遇处理

停职调查与待遇调整：

• 单位应启动内部调查程序，全面了解事件情况，并暂停职工的职务，以避免潜在的法律风险或声誉损失。
• 根据《关于公务员被采取强制措施和受行政刑事处罚工资待遇处理有关问题的通知》，被批捕的职工在被羁押期间，停发工资待遇，改按本人原基本工资的75%计发生活费，且不计算工作年限。若职工在逃，则停发工资待遇。

三、配合司法机关调查

提供协助与尊重程序：

• 单位应积极配合司法机关的调查工作，根据要求提供必要的文件、资料和信息。
• 遵循司法程序，不干预或影响案件的公正审理，这是基于法治原则和司法机关的调查权限。

四、依据司法判决结果进行处理

无罪与有罪的不同处理：

• 无罪处理：若职工最终被证明无罪，单位应补发停发的工资待遇，并恢复其原有职务或安排适当工作。
• 有罪处理：
  • 被宣告有罪但免予刑事处罚的，根据情节给予降低岗位等级或撤职以上处分。
  • 被依法判处有期徒刑以上刑罚的，给予开除处分。同时，服刑期间停发工资待遇，服刑期满后根据单位情况决定是否接收并安排工作。

五、社保与其他权益处理

养老保险与其他社保：

• 养老保险：若职工被开除，其开除前的视同缴费年限不予计算，实际缴费年限予以承认。若未被定罪并恢复工作，之前暂停缴纳的养老保险可按规定补缴。
• 其他权益：如医疗保险、失业保险、工伤保险和生育保险等，也会因工资停发而暂停缴纳。若未被定罪并恢复工作，可按规定补缴；若被开除，则需重新就业或以灵活就业人员身份自行参保。

六、关注职工权益与加强预防教育

保障权益与预防教育：

• 在处理过程中，单位应确保职工享有申诉权、辩护权等合法权益，并关注其心理状态和生活需求。
• 加强法律教育和廉洁自律教育，提高职工的法制意识和职业道德水平。同时，完善内部管理制度，加强监督与防范，以预防类似事件的再次发生。

总结与建议

事业单位在处理职工被批捕的问题时，应严格遵循法律法规及内部规章制度，确保处理过程的公正性和合法性。同时，应加强对职工的法律教育和内部管理，防范类似事件的再次发生。如遇具体问题或复杂情况，建议咨询专业的法律顾问或律师以获取更具体的法律意见和帮助。