医疗器械公司突然注销后，医院应采取以下措施妥善处理相关事宜，以保障自身权益和患者安全：

1. 立即停止使用涉事公司的医疗器械
   医院应第一时间排查所有涉及该公司的医疗器械，包括已采购、在库或正在使用的产品。若发现产品存在质量问题或安全隐患（如过期、损坏、无合格证明等），需立即停用并封存，避免对患者造成伤害。同时，需向当地药品监督管理部门报告，配合调查并记录处理过程。

2. 核查合同与付款情况，保留证据

   • 合同审查：检查与该公司签订的采购合同、质量保证协议等文件，重点关注违约责任、质量赔偿、售后服务等条款。若合同中约定了公司注销后的责任承担方式（如由股东或关联方继续履行义务），医院可据此主张权利。
     
   • 付款凭证：整理所有付款记录、发票等财务证据，确认是否已全额支付货款。若存在未结清款项，可暂停支付并要求对方提供合法继承主体（如清算组）的收款账户。
     
   • 沟通记录：保存与该公司沟通的邮件、微信、会议纪要等，证明医院已履行合理注意义务（如催告交付、质量反馈等）。

3. 向公司清算组申报债权
   根据《公司法》规定，公司注销前需成立清算组，通知债权人申报债权。医院应：

   • 主动联系清算组：通过公司登记的清算组负责人联系方式或公告渠道，提交债权申报材料（包括合同、发票、交付凭证等）。
     
   • 关注清算进度：若清算组未依法通知医院，导致债权未获清偿，医院可向法院申请强制清算或追究清算组成员责任。
     
   • 参与债权人会议：若清算程序涉及债权人会议，医院应积极参与，主张优先受偿权（如医疗器械质量问题的赔偿请求）。

4. 追究股东或实际控制人责任
   若公司注销后发现存在以下情形，医院可向股东或实际控制人追责：

   • 恶意注销：如公司未依法清算即注销，或清算时隐瞒债务，股东可能需对公司债务承担连带责任（《公司法司法解释二》第19-20条）。
     
   • 财产混同：若公司与股东财产混同（如“一套人马、两块牌子”），可主张“法人人格否认”，要求股东直接赔偿。
     
   • 未履行出资义务：若股东未实缴出资即注销公司，医院可要求其在未出资范围内承担责任。

5. 向监管部门投诉或举报
   若医疗器械公司存在违法行为（如销售无证产品、虚假宣传等），医院可向以下部门投诉：

   • 药品监督管理部门：举报公司违法经营行为，要求查处并公示处理结果。
     
   • 市场监督管理部门：投诉合同欺诈、虚假宣传等行为，维护市场秩序。
     
   • 税务部门：若公司注销前存在偷税漏税行为，可协助提供线索。

6. 评估损失并启动法律程序

   • 损失计算：包括直接损失（如已支付货款、退货费用）和间接损失（如患者索赔、医院声誉损害等）。
     
   • 诉讼或仲裁：根据合同约定或实际情况，向法院起诉股东、清算组成员或关联方，或依据仲裁条款申请仲裁。
     
   • 申请财产保全：为防止责任方转移财产，医院可在起诉前或诉讼中申请法院冻结其银行账户、房产等资产。

温馨提示：医疗器械公司注销可能涉及复杂法律关系，医院需尽快行动以避免证据灭失或诉讼时效过期。如有具体案件细节（如合同条款、注销程序等），可进一步向我咨询，我将结合实际情况提供针对性建议。