结论：贪污100万罚款10万后，剩余的90万是否需要继续追缴或处理，需结合具体法律程序和款项性质判断，并非简单“还有90万未处理”。以下是具体分析：

1. 罚款与赃款追缴的性质不同

• 罚款：属于行政处罚或刑事罚金，是对违法行为的惩罚性措施，直接上缴国库。例如，根据《刑法》第53条，罚金需在判决指定的期限内缴纳，逾期可能强制执行。
• 赃款追缴：是对贪污所得的财产性利益直接追回，返还给受害单位或上缴国库。根据《刑法》第64条，犯罪分子违法所得的一切财物，应当予以追缴或责令退赔。

关键点：罚款与赃款追缴是独立程序。若贪污100万被罚款10万，剩余90万若被认定为赃款，仍需追缴；若已通过其他方式（如退赔）处理，则可能不再重复追缴。

2. 剩余90万的可能去向

• 情况一：赃款未退赔
  若贪污的100万未退赔给受害单位或上缴国库，司法机关会通过《刑事诉讼法》规定的“追缴程序”强制执行，包括查封、冻结、拍卖财产等，直至全额追回。
• 情况二：赃款已部分退赔
  若贪污者已主动退赔部分款项（如20万），剩余80万仍需追缴，罚款10万与此无关，两者并行处理。
• 情况三：赃款已全额退赔
  若100万已全部退赔，罚款10万是额外惩罚，此时“90万”已不存在，但贪污者仍需承担罚金责任。

3. 实务中的综合处理

• 量刑与罚金关联：法院在判决时会综合考虑贪污数额、退赔情况、社会危害性等因素。例如，全额退赔可能减轻罚金数额，但不会免除追缴义务。
• 执行顺序：若财产不足，优先退赔赃款，再执行罚金。根据《刑法》第36条，承担民事赔偿责任的犯罪分子，同时被判处罚金，其财产不足以全部支付的，先承担对被害人的民事赔偿责任。

4. 对当事人的建议

• 主动退赔：若贪污者或家属希望减轻处罚，应尽快退赔剩余款项，并提供证据（如转账记录、受害单位收据）。
• 申诉权利：若认为罚款或追缴程序违法（如超额罚款、错误追缴），可依法提出申诉或申请再审。

总结：贪污案件中，罚款与赃款追缴是两条并行线索。剩余90万是否需处理，取决于是否已退赔及司法机关的追缴决定。建议结合具体案情，咨询专业律师以明确权利义务。