安全文明施工费是否会被扣除，需视具体情况而定，但通常情况下，预付款中不应扣除安全文明施工费。以下从多个角度为你详细分析：

一、安全文明施工费的性质与用途

安全文明施工费，全称安全防护、文明施工措施费，是依据国家现行的建筑施工安全、施工现场环境与卫生标准和有关规定而设立的专项费用。它专门用于购置和更新施工防护用具及设施，改善安全生产条件和作业环境，以保障施工工地的安全和环境文明。此费用具有专款专用的特点，不属于预付款的范畴，因此，在正常情况下，不应被扣除。

二、预付款与安全文明施工费的关系

1. 支付目的不同：预付款主要解决承包人的前期资金问题，帮助承包人解决资金周转，确保工程顺利进行；而安全文明施工费则专门用于保障施工安全和环境文明，两者目的截然不同。

2. 支付时间与方式：预付款通常在合同签订后的初期支付，而安全文明施工费可能根据工程进度或合同约定的其他方式进行支付。这意味着，安全文明施工费的支付并不与预付款的支付直接挂钩。

3. 法律与合同规定：根据相关法规和计价规范，安全文明施工费属于不可竞争费用，应专款专用。同时，如果发承包双方在合同中明确约定了预付款中安全文明施工费的处理方式，应优先按照合同约定执行，但不得违反法律法规的强制性规定。在大多数情况下，合同并不会约定在预付款中扣除安全文明施工费。

三、可能扣除安全文明施工费的情况

尽管在正常情况下，安全文明施工费不应被扣除，但在某些特殊情况下，如承包人未按照合同约定使用安全文明施工费，或者存在其他违约行为，导致发包人需要采取措施保障工程安全和环境文明时，发包人可能会根据合同约定或法律规定，从应支付给承包人的款项中扣除相应的安全文明施工费。然而，这种情况并非普遍现象，且需要严格的合同依据和法律依据。

四、法律建议

1. 仔细审查合同：作为承包人，在签订合同时，应仔细审查合同中关于安全文明施工费和预付款的条款，确保自己的权益得到充分保障。

2. 专款专用：承包人应严格按照合同约定和法律规定使用安全文明施工费，确保专款专用，避免被发包人扣除。

3. 及时沟通：如果发包人提出扣除安全文明施工费的要求，承包人应及时与发包人沟通，了解扣除的原因和依据，并寻求合理的解决方案。

4. 法律途径：如果双方无法就扣除安全文明施工费的问题达成一致意见，承包人可以通过法律途径维护自己的权益。

总结来说，安全文明施工费在正常情况下不应被扣除，但在某些特殊情况下可能会被扣除。作为承包人，应仔细审查合同、专款专用、及时沟通，并在必要时通过法律途径维护自己的权益。如果你有任何关于建设工程合同纠纷的法律问题，都可以直接向我咨询。