结论：在同等责任的情况下，若您与对方有协议约定余额部分由对方支付，那么原则上应按照协议执行。但具体赔偿方式还需结合实际情况，包括协议的具体内容、双方的实际损失以及可能的法律程序等因素来确定。

详细分析：

1. 协议优先原则：

   • 在合同纠纷中，如果双方已经就赔偿事宜达成了书面协议，并且该协议不违反法律法规的强制性规定，那么该协议对双方均具有法律约束力。
   • 在您的情况下，既然与对方有协议约定余额部分由对方支付，那么首先应当按照协议来执行。这意味着，如果余额部分确实存在，并且符合协议约定的支付条件，对方应当履行支付义务。

2. 同等责任下的赔偿原则：

   • 在同等责任的情况下，双方通常需要按照各自的责任比例来分担损失。但既然双方已经通过协议对赔偿事宜进行了特别约定，那么这一约定将优先于一般的责任分担原则。
   • 如果协议中明确规定了余额部分由对方支付，那么这一规定将作为赔偿的依据，双方应当遵守。

3. 实际损失与协议履行：

   • 在执行协议时，还需要考虑双方的实际损失情况。如果余额部分确实反映了双方的实际损失差异，并且这一差异在协议中得到了合理体现，那么按照协议执行是合理的。
   • 如果协议中的余额部分与实际损失存在显著差异，或者协议本身存在不公平、不合理之处，那么双方可能需要通过协商或法律程序来调整赔偿方案。

4. 法律程序与救济途径：

   • 如果对方拒绝履行协议中的支付义务，您可以通过法律途径来维护自己的权益。这可能包括向法院提起诉讼、申请仲裁等。
   • 在法律程序中，法院或仲裁机构将根据协议的具体内容、双方的实际损失以及相关法律法规来作出裁决，确保赔偿方案的公平性和合理性。

建议：

• 首先，仔细审查与对方签订的协议，确保对余额部分的支付义务有清晰、明确的理解。
• 如果对方拒绝履行支付义务，可以尝试与对方进行协商，寻求和解或调整赔偿方案。
• 如果协商无果，可以考虑通过法律途径来维护自己的权益，如向法院提起诉讼或申请仲裁。

示例说明：

假设您与对方因一起交通事故产生了合同纠纷，双方约定各自承担50%的责任，并签订了书面协议。协议中进一步约定，在扣除各自已支付的款项后，余额部分由对方支付给您。如果在实际操作中，确实存在余额部分，并且符合协议约定的支付条件，那么对方应当按照协议履行支付义务。如果对方拒绝支付，您可以通过法律途径来追讨这笔款项。