结论：交通部门在道口通行多年未予制止的情况下，仍然有权进行处罚，但具体是否处罚以及处罚的力度会受到多种因素的影响。

分析：

1. 行政处罚的时效性：

   • 根据一般的行政处罚原则，违法行为在追诉时效内未被发现的，不再给予行政处罚。然而，对于交通违章行为，尤其是持续性的违章行为（如长期在未获许可的道口通行），其时效性可能因具体法规和地区政策而异。
   • 重要的是要理解，即使交通部门之前未予制止，这并不构成对违章行为的合法化或豁免。交通部门有权在发现违章行为后的任何时间内进行处罚，只要该行为仍在追诉时效内。

2. 交通部门的执法权：

   • 交通部门作为交通管理的主体，负责维护交通秩序和安全。对于任何违反交通法规的行为，交通部门都有权进行查处和处罚。
   • 长期未予制止可能出于多种原因，如资源有限、执法重点不同等，但这并不改变违章行为的违法性和交通部门的执法权。

3. 处罚的考虑因素：

   • 在决定是否处罚以及处罚的力度时，交通部门会考虑多种因素，包括违章行为的性质、情节、后果以及违章者的态度等。
   • 如果违章者能够证明其长期通行是基于某种合理理由（如紧急情况、特殊需求等），并且之前未受到制止是因为交通部门未及时发现或未采取有效措施，这可能会在一定程度上影响处罚的决定。然而，这并不意味着违章行为本身变得合法或不受处罚。

4. 法律建议：

   • 对于长期在未获许可的道口通行的行为，建议违章者尽快与交通部门沟通，了解相关法规和政策，并寻求合法的解决方案。
   • 如果已经收到处罚通知，违章者有权提出陈述和申辩，甚至申请行政复议或提起行政诉讼，以维护自己的合法权益。

后续行动建议：

• 如果您或他人面临类似情况，建议首先了解当地的交通法规和政策，明确道口通行的合法性和限制条件。
• 如果认为交通部门的处罚决定存在不当之处，可以及时咨询专业律师（即我，裴森律师，专注于经济纠纷、交通事故领域），了解自己的权利和义务，并寻求合法的救济途径。

总之，交通部门在道口通行多年未予制止的情况下仍然有权进行处罚，但具体处罚情况会受到多种因素的影响。如果您有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。