关于合作企业使用另外账户收款是否合法的问题，这并非一个简单的“是”或“否”的答案，而是需要根据具体情况来综合判断。以下是我从不同角度为你进行的分析：

1. 合同约定角度：

   • 如果合作企业之间的合同中明确规定了收款账户，且双方均按照合同约定执行，那么使用合同约定的账户收款是合法的。
   • 如果合同中没有明确规定收款账户，或者虽然规定了但一方未经对方同意擅自使用另外账户收款，这可能构成违约行为，需要承担相应的违约责任。

2. 财务管理与税务合规角度：

   • 从财务管理和税务合规的角度来看，企业应当使用其正式的银行账户进行收款和付款，以确保财务记录的准确性和透明度。
   • 如果合作企业使用非正式账户（如个人账户或其他非企业账户）进行收款，这可能导致财务记录混乱，增加税务风险，甚至可能涉及偷税漏税等违法行为。

3. 反洗钱与反腐败角度：

   • 在某些情况下，使用非正式账户收款可能被视为试图规避监管或进行非法资金转移的行为，这可能触犯反洗钱和反腐败相关法律法规。
   • 特别是当收款金额较大或交易频繁时，使用非正式账户收款更容易引起监管机构的注意，并可能面临法律制裁。

4. 实际操作建议：

   • 为了避免潜在的法律风险和纠纷，我建议合作企业之间在合同中明确约定收款账户，并严格按照合同约定执行。
   • 如果确实需要变更收款账户，应当提前与对方协商并达成一致意见，同时及时更新合同中的相关条款。
   • 企业应当加强财务管理和税务合规意识，确保所有交易都通过正式账户进行，并保留完整的财务记录以备查验。

总结来说，合作企业使用另外账户收款是否合法取决于多种因素，包括合同约定、财务管理与税务合规以及反洗钱与反腐败等方面的要求。因此，在做出决策前，我建议你仔细审查合同条款、咨询专业财务和税务人员，并确保所有操作都符合相关法律法规的要求。如果你有任何具体的法律问题或需要进一步的法律建议，请随时向我咨询。