针对您提出的“离婚后双方在一起生的孩子上户口要做司法鉴定需要什么证件”的问题，以下是我为您提供的详细解答：
首先，需要明确的是，在大多数情况下，新生儿上户口并不直接要求必须做司法鉴定。然而，如果存在某些特殊情况，比如不符合《出生医学证明》签发条件，或者需要确认亲子关系以确定落户方等，那么就需要提供具有资质的鉴定机构出具的亲子鉴定证明。
针对您的情况，如果确实需要做司法鉴定（即亲子鉴定），并且您希望将孩子的户口落在抚养方户口所在地，那么您需要准备以下材料：
《出生医学证明》：这是新生儿出生的法定证明，是上户口的基本材料之一。
落户方《居民户口簿》：如果落户方是普通居民，需要提供其户口簿；如果落户方是军人，则需要提交军人工作证件和《居民身份证》。
父母《离婚证》（或生效的人民法院离婚判决书、离婚民事调解书）：这是证明父母已经离婚的法律文件，是办理孩子落户时的重要依据。
确定子女抚养方的离婚协议书（或生效的人民法院判决书、离婚民事调解书）：这份文件明确了孩子的抚养权归属，是办理落户时必须提供的。
具有资质的鉴定机构出具的亲子鉴定证明：如果需要做司法鉴定，您需要选择一家具有合法资质的鉴定机构进行亲子鉴定，并获取鉴定证明。
另外，如果孩子希望随非抚养方落户，那么父母双方应当同时到公安派出所签署同意办理落户的书面声明。
最后，我想强调的是，不同地区的具体规定可能有所不同。因此，在办理孩子落户手续前，建议您最好先咨询当地公安派出所或户籍管理部门，了解具体的办理流程和所需材料，以确保办理过程顺利无阻。
希望以上解答能够对您有所帮助。如果您还有其他问题或需要进一步的帮助，请随时告诉我。