工程全垫资合同并不必然违法，其合法性需根据具体情况进行判断。以下是对这一问题的详细分析：

一、垫资行为在一般情况下是合法的

在我国现行的法律法规体系中，并未明确禁止工程中的全垫资行为。在商业活动和建设工程领域，全垫资施工常被视为市场主体间基于平等、自愿原则进行的商业协商行为。当发包方与承包方在充分协商的基础上，就垫资的金额、期限、利息等关键条款达成明确且具体的协议，并且该协议内容不违反法律法规的强制性规定时，此类全垫资行为通常被法律所认可。

举例说明：假设一个工程项目中，发包方因资金暂时紧张，与承包方协商由承包方先行垫付全部工程款项，待工程完工后发包方再按照约定支付款项及利息。如果双方就垫资的金额、期限、利息等关键条款达成了明确且具体的协议，并且该协议内容不违反法律法规的强制性规定，那么这种全垫资行为就是合法的。

二、特定情形下垫资行为可能违法

尽管全垫资行为在一般情况下是合法的，但在某些特定情形下，其合法性可能会受到质疑：

1. 违反法律法规强制性规定：

   • 若全垫资行为涉及非法借贷、非法集资等违法金融活动，或存在恶意拖欠工程款、损害国家利益、社会公共利益等严重情形，该全垫资行为将被视为无效。
   • 根据《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释（一）》的相关规定，若承包人未取得相应资质、超越资质等级、借用他人资质或以其他非法手段承揽工程，导致施工合同无效，那么与之相关的全垫资条款也可能因合同整体无效而失去法律效力。

2. 存在欺诈、胁迫等可撤销事由：

   • 如果全垫资协议的签订过程中存在欺诈、胁迫、重大误解或显失公平等情形，受损害方有权向人民法院或仲裁机构申请变更或撤销该协议。一旦协议被撤销，全垫资行为的合法性也将不复存在。

3. 非自愿垫资：

   • 若承包方是在被要求全垫资作为承包工程的条件之一下被迫接受垫资，这种非自愿的垫资行为违反了公平竞争和自愿协商的原则，因此也是不合法的。

三、实际操作中的建议

鉴于全垫资行为的复杂性及其潜在的法律风险，建议在实际操作中谨慎对待全垫资行为：

• 在签订全垫资协议前，务必确保双方已就垫资的相关事宜进行充分协商，并达成明确且具体的协议。
• 仔细审查全垫资协议的内容，确保其不违反法律法规的强制性规定，且不存在欺诈、胁迫等可撤销事由。
• 如遇非自愿垫资或全垫资协议存在争议的情况，应及时向我咨询以获取法律意见和帮助。

综上所述，工程全垫资合同的合法性需根据具体情况进行判断。在遵守法律法规的前提下，通过充分协商和明确约定，可以确保全垫资行为的合法性和有效性。然而，鉴于全垫资行为的复杂性和潜在风险，建议在实际操作中保持谨慎态度。如果你有任何关于工程全垫资合同或其他法律问题的疑问，都可以直接向我咨询。