有限公司自然人独资确实属于独立法人，具体分析如下：

一、法律地位明确

根据《中华人民共和国民法典》第七十六条的规定，营利法人包括有限责任公司、股份有限公司和其他企业法人等。有限公司自然人独资，作为有限责任公司的一种特殊形式，自然也属于企业法人的范畴。同时，《中华人民共和国公司法》也明确规定了有限责任公司（包括自然人独资的一人有限责任公司）具有独立的法人资格。

二、特征表现

1. 独立的财产：有限公司自然人独资企业拥有独立于股东个人财产的公司财产。股东完成出资后，这些财产即成为公司的独立财产，由公司独立支配和使用。例如，若张三设立了一家自然人独资的有限公司并投入100万元作为注册资本，这100万元即归公司所有，用于公司的生产经营活动，与张三的其他个人财产相分离。

2. 独立承担民事责任：该类企业以其全部财产对公司的债务承担责任。当公司出现债务纠纷时，债权人只能要求公司以其自身的财产来偿还债务，而不能直接要求股东承担公司的债务（除非股东滥用公司法人独立地位和股东有限责任，逃避债务，严重损害公司债权人利益的，此时股东需对公司债务承担连带责任）。例如，如果张三的公司欠了供应商50万元货款，公司需用自身资产来偿还这笔债务，而张三的个人财产通常不受影响。

3. 独立的意思表示：有限公司自然人独资企业可以通过法定的组织机构形成独立的意思表示，以公司的名义开展经营活动、签订合同、参与诉讼等。公司可以根据自身的经营策略和市场情况自主决策。例如，公司可以自主决定与其他企业合作开展项目并签订合作协议，该协议的法律后果由公司承担。

三、与个人独资企业的区别

需要注意的是，自然人独资企业并不等同于个人独资企业。个人独资企业是依照《中华人民共和国个人独资企业法》在中国境内设立，由单个自然人投资的经营实体，它不具有法人资格，投资人对企业债务承担无限责任。而有限公司自然人独资则具有法人资格，股东通常仅以其认缴的出资额为限对公司承担责任。

四、实际运营中的意义

有限公司自然人独资作为独立法人，在实际运营中具有重要意义。它使得企业能够以自己的名义从事民事活动，独立承担民事责任，从而保护了股东的个人财产安全。同时，它也为企业提供了更广阔的融资渠道和更灵活的经营方式，有助于企业的长期发展。

总结来看，有限公司自然人独资确实属于独立法人，具有独立的财产、独立承担民事责任以及独立意思表示等特征。在实际运营中，它为企业提供了法律保障和经营便利。如果您在有限公司自然人独资的设立、运营或管理过程中遇到任何法律问题，可以直接向我咨询。