结论：刑事判决书已经判决退赃后，受害者一般不能就已退赃部分另行提起民事诉讼，但在存在未涵盖的损失等特殊情况时，受害者可能仍享有提起民事诉讼的权利。
详细分析：
一般情况下的处理原则：
- 根据《最高人民法院关于适用〈中华人民共和国刑事诉讼法〉的解释》第一百七十六条，被告人非法占有、处置被害人财产的，应当依法予以追缴或者责令退赔。在刑事案件中，法院已对被害人的财产损失作出了处理，即责令被告人退赃，这本身是对被害人财产权益的一种恢复方式。因此，一般情况下，被害人不能就已退赃部分再行提起民事诉讼，以避免重复救济和司法资源的浪费。
特殊情况下的民事诉讼权利：
- 未涵盖的损失：如果刑事案件并未涉及被害人因犯罪行为所遭受的全部物质损失，例如除了财物被非法占有、处置外，还导致了其他直接相关的物质损失（如医疗费、误工费等），则被害人有权就这部分未在刑事退赃中涵盖的损失另行提起民事诉讼，以寻求进一步的赔偿。
- 基于不同法律关系的民事诉讼：若民事纠纷与刑事案件涉及的法律关系不同（如合同纠纷），即使刑事判决已作出，当事人仍可另行提起民事诉讼。这符合《中华人民共和国民事诉讼法》第一百二十二条规定的起诉条件，即原告与案件有直接利害关系、有明确被告、有具体诉讼请求和事实理由、属于法院受理范围且受诉法院有管辖权。
刑事诉讼与民事诉讼的独立性：
- 刑事诉讼主要关注的是被告人的刑事责任问题，而民事诉讼则是为了处理受害者因犯罪行为所遭受的物质损失。两者虽然紧密相关，但各自有着独立的程序和要求。因此，受害者在提起民事诉讼时，需要遵守民事诉讼的相关规定，并按照程序要求进行诉讼活动。
实践建议：
- 及时评估损失：受害者在刑事判决后，应仔细评估自己的损失情况，确定是否存在未在刑事退赃中涵盖的损失。
- 准备充分证据：如果决定提起民事诉讼，应确保诉讼请求明确、证据充分，特别是要准备好能够证明未涵盖损失的相关证据。
- 遵循法院程序：严格按照法院的规定和程序提起诉讼，确保诉讼过程合法合规。
法律后果提示：
- 如果受害者未经充分评估就盲目提起民事诉讼，可能会面临诉讼被驳回的风险，从而浪费时间和精力。
- 如果受害者能够证明存在未涵盖的损失并成功提起民事诉讼，则有可能获得进一步的赔偿，从而更好地维护自己的合法权益。
综上所述，刑事判决书已经判决退赃后，受害者应根据自己的具体情况判断是否可以提起民事诉讼，并在必要时寻求专业法律帮助以确保自己的权益得到妥善维护。如果有任何疑问或需要进一步的法律建议，可以直接向我咨询。