计算机知识产权侵权诉讼时效一般为三年，自权利人知道或者应当知道权利受到损害以及义务人之日起计算。以下是对这一问题的详细分析：
一、诉讼时效的基本规定
根据《中华人民共和国民法典》第一百八十八条，向人民法院请求保护民事权利的诉讼时效期间通常为三年。这一规定同样适用于计算机知识产权侵权案件，包括著作权、商标权、专利权等在计算机领域的应用所引发的侵权纠纷。
二、诉讼时效的起算时间
诉讼时效的起算时间是从权利人知道或者应当知道其权利受到损害以及能够确定具体义务人之日起开始计算。在计算机知识产权侵权案件中，这通常意味着权利人需要明确知晓自己的计算机软件、作品、商标或专利等被侵犯，并且能够指出具体的侵权人。
三、持续侵权的处理
若计算机知识产权侵权行为在权利人提起诉讼时仍然持续，并且该知识产权仍处于有效保护期内，人民法院不仅会判决被告立即停止侵权行为，还会根据权利人起诉之日起向前推算三年的时间内所遭受的损失来确定赔偿数额。这一规定确保了即使侵权行为持续时间较长，权利人也能获得合理的赔偿。
计算公式示例（以赔偿数额计算为例）： 假设权利人于2025年1月1日发现侵权行为并提起诉讼，侵权行为自2022年1月1日起持续至今，且知识产权仍在保护期内。那么，法院将根据权利人自2022年1月1日至2025年1月1日（即起诉日向前推算三年）期间所遭受的损失来确定赔偿数额。
四、特殊情形的考虑
权利人不知或不应知：如果权利人不知道或不应当知道其计算机知识产权被侵害，则诉讼时效期间不开始计算。但一旦权利人知道或应当知道其权利被侵害，诉讼时效期间即开始计算。
最长诉讼时效：无论权利人何时知道或应当知道其权利受到损害，自权利受到损害之日起超过二十年的，人民法院不予保护。这是为了维护法律关系的稳定性和可预测性，防止权利人无限期地主张权利。然而，在特殊情况下，如权利人因不可抗力或其他正当理由无法及时行使权利，人民法院可以根据权利人的申请决定延长诉讼时效期间。
诉讼时效的中止与中断：在诉讼时效期间的最后六个月内，如果因不可抗力或其他障碍导致权利人不能行使请求权的，诉讼时效中止。自中止时效的原因消除之日起满六个月，诉讼时效期间届满。如果权利人向义务人提出履行请求、义务人同意履行义务、权利人提起诉讼或申请仲裁等情形，诉讼时效将中断并重新计算。
五、实际案例应用
以计算机软件著作权侵权为例，假设甲公司发现乙公司自2022年起就持续侵犯其计算机软件著作权，甲公司于2025年向法院提起诉讼。若此时甲公司的计算机软件著作权仍在保护期内，法院将判决乙公司停止侵权行为，并根据甲公司自2022年（即起诉日向前推算三年，若侵权持续至今则按实际持续期间计算损失，但此处为简化说明）以来所遭受的损失来确定赔偿数额。
建议：
综上所述，计算机知识产权侵权的诉讼时效及其计算方式是一个复杂而细致的问题。在实际操作中，建议权利人根据案件的具体情况及时咨询我，以确保自身权益得到有效保护。