若亲生父亲失踪，可通过以下两种方式做有效亲子鉴定：

1. 寻找父亲的其他生物样本
   亲子鉴定的核心是比对DNA信息，即使父亲本人无法到场，若能获取其带有完整细胞核的生物样本（如毛发、指甲、牙刷、烟头、精斑、血液、口腔拭子等），仍可进行鉴定。需注意：

   • 样本需未被污染（如避免混入他人DNA）；
     
   • 样本需保存完整（如毛发需带毛囊，指甲需保留根部）；
     
   • 需通过司法鉴定机构或正规实验室提取DNA，确保流程合法合规。
     

2. 通过其他亲属间接推定亲子关系
   若无法获取父亲样本，可通过与父亲的直系亲属（如祖父、祖母、兄弟）进行亲缘鉴定，结合遗传学规律推定亲子关系。例如：

   • 若孩子与祖父的Y染色体一致（仅限男性），可间接证明父子关系；
     
   • 若孩子与祖母的X染色体或常染色体存在特定匹配，也可作为辅助证据。
     但需注意，亲缘鉴定的结论通常为“可能性”而非直接确认，需结合其他证据（如出生证明、户籍记录等）综合判断。
     

关键提醒：

• 亲子鉴定需选择具有司法资质的机构，确保结果具有法律效力；
  
• 若涉及诉讼（如继承、抚养权纠纷），需提前与法院沟通，确认鉴定程序的合法性；
  
• 若父亲失踪时间较长，建议优先通过公安机关协助查找生物样本或亲属线索。
  

如有进一步疑问，可直接向我咨询具体操作流程或法律风险。