处罚单位在处罚执行期限内仍在投标的，可依据不同情形采取以下处理措施：

1. 若处罚决定明确禁止投标活动
   根据《行政处罚法》及相关行业法规，若处罚决定中明确载明“禁止参与招投标活动”或“限制市场准入”等条款，被处罚单位在执行期限内继续投标的，属于违法行为。处理方式包括：

   • 行政机关直接认定投标无效：招标人或监管部门可依据处罚决定，直接取消其投标资格或中标结果；
     
   • 追加处罚：原处罚机关可依据《行政处罚法》第36条，对单位“拒不履行处罚决定”的行为启动强制执行程序，并可能追加罚款、列入严重违法失信名单等措施；
     
   • 民事责任：若因违规投标导致其他投标人损失，受损方可依据《民法典》第1165条主张侵权赔偿。

2. 若处罚决定未明确禁止投标，但存在限制性条件
   例如处罚决定仅要求“停业整顿”但未明确禁止投标，此时需结合行业规范判断：

   • 建筑、工程领域：依据《建筑法》第66条，若单位被责令停业整顿，其资质证书可能被暂扣，此时投标行为因缺乏资质而无效；
     
   • 政府采购领域：依据《政府采购法》第22条，供应商若存在“重大违法记录”（包括正在执行的处罚），采购人可拒绝其投标；
     
   • 通用规则：即使处罚未直接禁止投标，若单位因处罚导致履约能力下降（如财务状况恶化），招标人可依据《招标投标法》第18条要求其提供担保或直接否决投标。

3. 若处罚决定无任何限制性条款
   从法律层面，单位在处罚执行期内仍可投标，但需注意：

   • 诚信风险：投标文件中需如实披露正在执行的处罚（如招标文件要求），否则可能构成《招标投标法》第54条的“弄虚作假”行为，面临中标无效、罚款等后果；
     
   • 合同效力风险：即使中标，若处罚导致单位无法履行合同（如被吊销许可证），可能触发《民法典》第563条的法定解除权，需承担违约责任。

实务建议：

• 对招标人：在招标文件中明确要求投标人披露“正在执行的行政处罚”，并设置资格审查条款；
  
• 对被处罚单位：若处罚未明确禁止投标，建议提前与处罚机关沟通确认是否影响资质或履约能力，避免后续纠纷；
  
• 对监管部门：可依据《市场监督管理严重违法失信名单管理办法》，将“处罚执行期内违规投标”纳入失信惩戒范围，形成跨部门联动机制。
  

如有具体案件细节（如处罚类型、行业领域），可进一步提供信息以便精准分析。