结论前置：公司被劳动仲裁时，理论上可以依法申请注销，但注销并不免除其应承担的劳动法律责任，且需遵循严格的法定程序。劳动者在公司注销后依然有法律途径来保障自己的权益。
一、公司注销的法律规定与程序
根据《中华人民共和国公司法》的相关规定，公司注销需满足一系列条件，并严格按照法定程序进行。这些条件包括但不限于完成清算程序、清偿债务等。具体注销程序如下：
- 成立清算组：公司决定注销时，应首先成立清算组，负责清理公司财产、编制资产负债表和财产清单。
- 通知债权人并公告：清算组应当自成立之日起十日内通知债权人，并于六十日内在报纸上公告。债权人应在规定期限内向清算组申报其债权，这包括劳动仲裁涉及的员工权益等债权。
- 制定清算方案：清算组在清理完公司财产、清偿公司债务后，应制定清算方案，并报股东会、股东大会或者人民法院确认。
- 办理注销登记：完成清算后，清算组应依法向公司登记机关申请注销登记，完成公司注销程序。
二、劳动仲裁期间公司注销的法律影响
劳动仲裁与公司注销之间并无直接法律联系，但公司注销会对劳动仲裁及其结果产生一定影响：
- 仲裁程序的进行：如果公司在劳动仲裁期间注销，仲裁程序可能会因缺失一方当事人（用人单位）而受到影响。然而，这并不意味着仲裁程序无法继续。劳动者仍然可以要求仲裁庭出具仲裁结果，并根据仲裁结果向法院起诉，向相关组织或个人（如公司股东、清算组成员等）追讨劳动报酬。
- 劳动争议的责任承担：公司注销并不意味着其可以逃避劳动争议的责任。如果劳动仲裁结果判定公司需要支付劳动者工资、经济补偿、赔偿金等，即使公司已注销，若存在股东未依法履行清算义务、恶意处置公司财产等情形，股东仍可能需要对公司的劳动债务承担相应的赔偿责任。
三、劳动者在公司注销后的权益保障措施
为确保劳动者的权益在公司注销后得到有效保障，建议采取以下措施：
- 及时申报债权：劳动者应在公司清算过程中及时申报自己的债权，确保自己的权益被纳入清算范围。这要求劳动者密切关注公司的清算动态，及时与清算组取得联系并申报债权。
- 保留证据材料：劳动者应妥善保管与公司劳动争议相关的证据材料，如劳动合同、工资单、工作证等，以便在需要时提供证明。这些证据材料在后续的法律程序中可能起到关键作用。
- 寻求法律援助：如果公司在注销过程中存在违法行为或损害劳动者权益的情况，劳动者可以向相关部门投诉或寻求法律援助。作为专业律师，我可以为劳动者提供法律咨询和代理服务，帮助劳动者维护自己的合法权益。
四、特殊情况下的处理
如果公司确实因为特殊原因需要注销，例如破产清算等法定事由，应在清算过程中对劳动争议等债务问题作出妥善安排。清算组应当通知劳动者，并在清算方案中预留相应的财产份额，以保障劳动者在仲裁结果确定后的权益能够得到实现。此外，如果公司存在恶意注销以逃避法律责任的行为，劳动者可以通过法律途径追讨权益，要求公司的股东、发起人等对公司的债务承担责任。
总结与建议：公司被劳动仲裁时虽然可以依法申请注销，但注销并不免除其应承担的劳动法律责任。劳动者在公司注销后应依法维护自己的权益，确保劳动争议得到妥善处理。如果你作为劳动者面临这种情况，建议及时咨询专业律师（即我本人），了解自己的权益和可行的法律途径，以便更好地维护自己的合法权益。