结论：行政机关立案调查前公司已经注销的，一般情况下不能直接对公司进行行政处罚，但在特定情况下，可对其相关责任人员依法予以处罚。具体能否处罚及如何处罚，需根据违法情形和公司注销的相关情况综合判断。以下从不同角度为你详细分析：

一般情况：不能对公司进行行政处罚

公司注销意味着其法人资格的终止，民事权利能力和民事行为能力随之消灭。行政处罚的对象通常是具有独立法律人格、能够独立承担法律责任的主体。由于已注销的公司不再具备承担行政责任的主体资格，所以从严格意义上讲，不能成为行政处罚的对象。例如，一家小型贸易公司完成注销登记后，就如同一个自然人去世一样，在法律上不再存在，行政机关无法再对其作出罚款、责令停产停业等行政处罚。

特殊情况：可对相关责任人员处罚

1. 注销前已立案未处罚
   • 如果公司在注销前存在违法行为，且相关行政机关已经立案调查但尚未作出处罚决定，那么行政机关在注销后仍可以对相关责任人员进行行政处罚。这是因为违法行为的调查已经启动，且基本事实清楚，责任人员的行为已经构成了应受处罚的要件。比如，某公司在经营过程中存在偷税漏税行为，税务机关已经立案调查，但在调查过程中公司进行了注销。此时，税务机关仍可依据调查结果，对公司的法定代表人、直接负责的主管人员和其他直接责任人员作出行政处罚，如罚款等。
2. 注销中发现违法或注销程序存在瑕疵
   • 在公司注销过程中或注销后发现存在恶意逃避债务、违法经营等行为，或者注销程序存在瑕疵（如未依法进行清算），相关责任人员在公司注销后仍可被追溯责任。此时，行政机关可以依据相关法律法规对直接负责的主管人员和其他直接责任人员进行行政处罚。例如，公司未依法进行清算就注销，导致债权人的债权无法实现，若该债权涉及行政机关监管的领域，如环保罚款等，行政机关可对负责清算的人员进行处罚。
3. 通过欺诈手段注销
   • 如果公司是通过隐瞒真实情况、提交虚假材料等欺诈手段完成注销的，相关登记机关可以依法撤销注销登记，使公司恢复到注销前的状态。在此情况下，行政机关可以对该公司依法实施行政处罚，或者对存在过错的股东、实际控制人等责任人员进行处罚。比如，公司为了逃避环保处罚，在注销时故意隐瞒未处理完的环保问题，提交虚假的清算报告等材料完成注销。登记机关发现后撤销注销登记，环保部门就可以对公司或相关责任人员进行处罚。
4. 涉嫌严重违法
   • 对于涉嫌严重违法的情况，如偷税漏税、污染环境等，即使公司已经注销，相关部门仍可以通过法律途径追讨违法所得、进行行政处罚，甚至可能追究刑事责任。这种情况下，相关责任人员将面临法律的严厉制裁。例如，某化工公司长期违规排放污染物，严重污染环境，在行政机关立案调查前公司注销。但环保部门仍可依据相关证据，对公司的股东、实际控制人等责任人员进行行政处罚，若构成犯罪的，还将移送司法机关追究刑事责任。
5. 公司类型与责任承担
   • 对于有限责任公司，若股东存在未依法履行清算义务等过错行为，导致公司债权人利益受损，债权人可以要求股东承担相应的民事赔偿责任。从行政处罚角度，相关监管部门也可依法对存在过错的股东或实际控制人作出行政处罚。
   • 对于个体工商户，其经营者对经营期间的债务等承担无限责任。因此，即使个体工商户注销，相关部门仍可就其存续期间的违法行为对经营者进行处罚。比如，个体工商户在经营过程中销售假冒伪劣产品，在行政机关查处前注销，行政机关仍可对经营者进行罚款等行政处罚。

建议

为避免注销后仍面临行政处罚的风险，建议公司在注销前务必确保自身不存在任何违法行为，并妥善处理所有债权债务关系。同时，对于可能存在违法行为的情形，应主动配合行政机关的调查处理，以确保合法合规地完成注销程序。如果你在实际情况中遇到此类问题，可直接向我咨询，我会根据你的具体情况为你提供更详细的法律建议。