针对您提出的“刑事纠纷中两个户口身份不一样如何处理”的问题，这确实是一个涉及法律程序和户籍管理的重要问题。以下是我根据相关法律法规和政策文件，为您提供的详细解答：
一、户籍处理原则
首先，需要明确的是，根据《中华人民共和国户口登记条例》及相关政策文件，一个人只能拥有一个合法有效的户口。如果存在两个或两个以上的户口（即重复户口），或者通过提供虚假材料、捏造事实取得的户口（即虚假户口），这些户口都是不合法的，需要进行处理。
二、处理流程
调查核实：
- 公安机关在办理户政、出入境、交通管理以及案件侦办等工作中，或者接到群众投诉举报、居民主动申报后，会发现重复（虚假）户口线索。
- 公安机关会根据这些线索开展详细的调查核实工作，包括询问当事人、查阅相关档案、比对信息系统等。
作出处理决定：
- 经调查核实，如果认定为重复（虚假）户口，公安机关会制发《重复（虚假）户口处理告知书》，通知当事人在规定期限内到公安机关办理户口注销手续。
- 如果因无法联系当事人或当事人拒不签收等原因导致告知书无法送达，公安机关会制发《重复（虚假）户口处理公告》，公告期满后，当事人仍未办理注销手续的，公安机关将按规定注销重复（虚假）户口。
特殊情况处理：
- 在核查处理工作中，如果发现重复（虚假）户口涉及案件在逃、尚未判决，或者罪犯服刑期间真实身份未查明，或者有民事纠纷未了结且真实身份未查明等情形，公安机关会暂不注销户口，但会将户口信息锁定，或将有关情况移交相关职能部门或报送上级公安机关研究后再作出处理决定。
三、刑事纠纷中的身份审查
在刑事纠纷中，如果犯罪嫌疑人、被告人存在两个户口身份不一样的情况，这会影响到案件的审理和判决。根据“两高一部”联合印发的《关于健全对刑事案件犯罪嫌疑人、被告人身份审查工作机制的意见》：
侦查阶段：
- 公安机关应当依法及时收集、固定、审查证明犯罪嫌疑人身份的证据，包括户籍信息、居民身份证等。
- 对户籍信息或居民身份证有疑问的，应当调取犯罪嫌疑人户籍所在地公安机关出具的盖有户籍专用章并附照片的户籍证明，必要时补充调取其他证据材料。
审查起诉阶段：
- 人民检察院应当审查起诉意见书是否写明犯罪嫌疑人身份及是否有相关证据材料证明，没有相关证据材料的，应当要求公安机关及时补送。
审判阶段：
- 人民法院应当审查起诉书是否写明被告人身份及被告人身份是否有相关证据材料证明，没有相关证据材料的，应当要求人民检察院在三日内补送。
- 法庭审理时，人民法院应当查明被告人的姓名、出生日期、公民身份号码等身份信息，并结合证人证言、辨认笔录等相关证据材料进行核实。
四、建议与注意事项
主动申报：
- 如果您发现自己或他人存在重复（虚假）户口的情况，建议主动到公安机关申报，并配合公安机关的调查核实工作。
保留证据：
- 在处理过程中，请保留好所有相关的证据材料，如户口簿、身份证、户籍证明等，以便在需要时提供给公安机关或司法机关。
法律途径：
- 如果您对公安机关注销户口的处理不服，可以在知道或者应当知道重复（虚假）户口被注销之日起60日内向注销户口的公安机关的上级公安机关或者同级人民政府申请行政复议，或者在六个月内依法向同级人民法院提起行政诉讼。
综上所述，刑事纠纷中两个户口身份不一样的情况需要依法进行处理，包括户籍的注销和身份的审查。建议您积极配合公安机关和司法机关的工作，确保案件的顺利审理和判决。