软件著作权申请后，未经著作权人许可，实施以下行为通常会被认定为侵权：
复制软件：未经授权，将软件以任何形式（如全部或部分复制到硬盘、光盘、网络服务器等）进行复制，均构成对软件著作权的侵犯。这包括直接复制软件代码，也包括复制软件的运行结果或界面等具有独创性的表达。
发行软件：未经著作权人许可，将软件以出售、赠与、出租等方式向公众提供，也属于侵权行为。这里的“发行”不仅限于传统的实体销售，还包括通过网络等电子方式传播软件。
出租软件：对于计算机软件这类作品，出租权是著作权人的一项重要权利。未经许可，将软件出租给他人使用，即使出租的是软件的副本，也构成侵权。
信息网络传播：未经授权，通过信息网络（如互联网、局域网等）向公众提供软件，使公众可以在其选定的时间和地点获得软件，同样属于侵权行为。这包括将软件上传到网站供人下载，也包括通过即时通讯工具、电子邮件等方式传播软件。
翻译、改编、汇编软件：未经著作权人许可，对软件进行翻译、改编、汇编等行为，如果这些行为产生了具有独创性的新作品，且未获得原软件著作权人的授权，也构成侵权。例如，将英文软件翻译成中文软件，或者对软件进行修改以增加新功能等。
反向工程（在特定情况下可能构成侵权）：虽然反向工程在某些情况下（如为了研究软件内部工作原理、进行兼容性开发等）可能被视为合法行为，但如果反向工程的目的是为了获取软件的源代码或算法等核心秘密，以进行复制、仿制或开发竞争性产品，则可能构成侵权。
在判断是否构成软件著作权侵权时，还需注意以下几点：
独创性：软件必须具有独创性才能受到著作权法的保护。如果软件只是对现有软件的简单模仿或复制，没有体现出足够的独创性，则可能无法获得著作权保护，也就谈不上侵权。
接触可能性：要构成侵权，被控侵权方通常需要有接触原软件的可能性。如果被控侵权方完全独立地开发出了与原软件相似的软件，且没有接触过原软件，则可能不构成侵权。
实质性相似：在判断是否构成侵权时，还需要比较被控侵权软件与原软件之间是否存在实质性相似。这通常需要通过专业的技术鉴定或专家意见来确定。
如果发现自己的软件著作权被侵犯，可以采取以下措施：
收集证据：包括侵权软件的复制件、传播记录、侵权方的身份信息等。
发送警告函：可以向侵权方发送警告函，要求其停止侵权行为并赔偿损失。
提起诉讼：如果侵权方拒绝停止侵权行为或赔偿损失，可以向法院提起诉讼，通过法律途径维护自己的权益。
在处理软件著作权侵权问题时，建议咨询专业律师以获取更具体的法律建议。如果你有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。