结论：在第一次骨折鉴定三期已赔付，病情恶化后重新鉴定三期的情况下，前边的三期费用是否应当扣除，需根据具体情况判断，一般而言，若重新鉴定结果与首次鉴定存在实质性差异，且该差异导致首次赔付的三期费用不合理或超出实际需要，则可能需对前边费用进行相应调整或扣除；若重新鉴定未改变首次鉴定的核心结论，或首次赔付费用合理，则通常无需扣除。以下从不同角度详细分析：
一、重新鉴定的法律基础与目的
重新鉴定通常是在首次鉴定存在程序违法、依据不足、鉴定人无资质等情形，或者当事人对首次鉴定结果有异议并申请重新鉴定时进行的。其目的在于确保鉴定结果的公正性、准确性和科学性，从而保障当事人的合法权益。在医疗纠纷中，重新鉴定可能涉及对病情、治疗方案、因果关系、责任比例等多方面的重新评估。
二、前边三期费用是否扣除的考量因素
重新鉴定结果与首次鉴定的差异：
- 若重新鉴定结果与首次鉴定在病情评估、治疗方案、三期（误工期、护理期、营养期）时长等方面存在实质性差异，且该差异导致首次赔付的三期费用不合理或超出实际需要，则可能需对前边费用进行相应调整或扣除。
- 例如，若首次鉴定认为患者需要较长的护理期，但重新鉴定发现患者恢复情况良好，护理期应缩短，则首次赔付的过长护理期费用可能需扣除。
病情恶化的原因与责任：
- 病情恶化可能是由于医疗过错、患者自身因素或不可抗力等多种原因导致的。若病情恶化与医疗过错有关，且重新鉴定因此延长了三期时长，则首次赔付的费用可能不足以覆盖新的三期费用，此时不仅不应扣除前边费用，还可能需增加赔付。
- 若病情恶化与医疗过错无关，或重新鉴定未改变首次鉴定的核心结论（如三期时长），则通常无需对前边费用进行调整或扣除。
赔付协议的约定：
- 若双方在首次赔付时已签订赔付协议，并明确约定了赔付范围、金额及后续处理方式等，则应按照协议约定执行。若协议中未涉及重新鉴定后费用的调整问题，则需根据法律规定和公平原则进行判断。
三、法律建议与操作步骤
审查首次鉴定与重新鉴定的报告：
- 仔细对比两次鉴定报告的内容，特别是关于病情评估、治疗方案、三期时长等方面的差异。
- 分析病情恶化的原因及责任归属，判断重新鉴定结果的合理性和科学性。
与对方协商或申请调解：
- 在明确差异和责任后，可尝试与对方协商解决费用扣除或增加赔付的问题。
- 若协商无果，可申请医疗纠纷人民调解委员会等第三方机构进行调解。
考虑法律途径：
- 若调解仍无法解决问题，可考虑通过法律途径解决争议。
- 在诉讼过程中，可申请鉴定人出庭质询、委托专家辅助人出庭等，以支持自己的主张。
四、风险提示
- 重新鉴定的风险：重新鉴定结果可能不如首次鉴定有利，导致赔付金额减少或需承担更多责任。因此，在申请重新鉴定前应充分评估风险。
- 赔付协议的风险：签订赔付协议时应谨慎考虑未来可能的变化和风险，避免协议内容过于绝对或不利于自己。
如有具体案件或进一步疑问，可直接向我咨询，我将根据案件具体情况提供更详细的法律建议。