结论：在女方怀孕、男方不想要而女方执意留下孩子的情况下，双方若希望签订协议，该协议应主要围绕孩子的出生、抚养、教育等事宜进行明确约定，同时需确保协议内容合法、合理且不违背公序良俗。以下是从多个角度对协议内容及注意事项的详细分析：
一、协议内容
孩子出生的相关事宜：
- 双方应明确表示尊重女方的生育决定，并承诺在孩子出生后共同承担抚养责任。
- 可以约定男方在女方怀孕期间及孩子出生后的一段时间内，提供必要的经济支持和精神关怀。
抚养权的约定：
- 双方应就孩子的抚养权进行明确约定，包括但不限于抚养权的归属、抚养费的支付、探视权的行使等。
- 若双方协商一致，可以约定共同抚养孩子，并详细规定各自在抚养过程中的权利和义务。
- 若一方获得抚养权，另一方应支付相应的抚养费，抚养费的具体数额和支付方式应在协议中明确。
教育、医疗等事宜的约定：
- 双方应就孩子的教育、医疗等重大事宜进行约定，确保孩子能够得到良好的成长环境和必要的医疗保障。
- 可以约定双方共同承担孩子的教育费用、医疗费用等，并明确各自承担的比例和方式。
其他事宜的约定：
- 双方还可以就其他与孩子相关的事宜进行约定，如孩子的姓氏、户籍登记、继承权等。
- 这些约定应确保不违反法律法规的强制性规定，且不损害孩子的合法权益。
二、注意事项
协议内容的合法性：
- 协议内容必须合法，不得违反法律法规的强制性规定，如不得约定剥夺孩子的抚养权、继承权等。
- 协议内容应合理，不得违背公序良俗，如不得约定以金钱或其他利益为条件放弃抚养权等。
协议的签订和履行：
- 协议应由双方自愿签订，且签订时双方应具有完全民事行为能力。
- 协议签订后，双方应严格按照协议内容履行各自的义务，不得擅自变更或解除协议。
- 若一方违反协议约定，另一方有权依法追究其法律责任。
协议与法律的关系：
- 协议内容不得与法律法规相抵触，否则抵触部分无效。
- 在协议履行过程中，若发生法律法规变更或政策调整等情形，双方应协商调整协议内容，以确保协议的合法性和有效性。
三、法律后果
若协议合法有效：
- 双方应按照协议内容履行各自的义务，若一方违反协议约定，另一方有权依法追究其法律责任，包括要求继续履行协议、赔偿损失等。
若协议无效或部分无效：
- 若协议内容违反法律法规的强制性规定或违背公序良俗，则协议无效或部分无效。
- 在协议无效或部分无效的情况下，双方应重新协商签订合法有效的协议，或依法通过诉讼等方式解决争议。
建议：在签订此类协议时，双方应充分沟通、协商，确保协议内容合法、合理且不违背公序良俗。如有需要，可以寻求专业律师的帮助，以确保协议的合法性和有效性。若你还有其他关于婚姻家庭方面的法律问题，也可以直接向我咨询。