结论：在自然人独资企业借款有抵押担保的情况下，能否要求股东承担连带责任，需根据具体情况判断，主要包括是否存在人格混同、股东是否滥用权利损害债权人利益等情形。以下从不同角度详细分析：

1. 人格混同情形

根据《公司法》第六十三条：“一人有限责任公司的股东不能证明公司财产独立于股东自己的财产的，应当对公司债务承担连带责任。”

• 核心要点：若自然人独资企业的股东无法证明公司财产与个人财产独立（如财务混同、业务混同、人员混同等），债权人可主张股东对公司债务承担连带责任。
  
• 抵押担保的影响：抵押担保是债务的履行保障，但不影响股东人格混同的认定。即使存在抵押，若股东被认定人格混同，债权人仍可要求股东承担连带责任。
  
• 举证责任：股东需自证财产独立（如提供审计报告、财务制度等），否则推定人格混同。

2. 股东滥用权利损害债权人利益

根据《公司法》第二十条：“公司股东滥用公司法人独立地位和股东有限责任，逃避债务，严重损害公司债权人利益的，应当对公司债务承担连带责任。”

• 适用情形：若股东通过转移资产、虚构债务等方式逃避债务，即使存在抵押担保，债权人仍可突破有限责任，要求股东承担连带责任。
  
• 关键证据：需证明股东存在主观恶意（如低价转让资产、隐匿财产等）及客观损害结果（如公司无力偿债）。

3. 抵押担保与股东责任的独立性

• 抵押担保的效力：抵押是债务的担保方式，仅影响债务的清偿顺序（如抵押物优先受偿），不改变债务主体的责任范围。
  
• 股东责任的补充性：若抵押物价值不足以清偿债务，且存在上述人格混同或滥用权利情形，债权人可要求股东承担剩余债务的连带责任。

4. 实务建议

1. 债权人角度：
   
   • 调查企业财产与股东财产是否独立（如要求提供审计报告）；
     
   • 关注股东是否存在转移资产、虚构债务等行为；
     
   • 在诉讼中同时主张抵押权和股东连带责任，提高清偿可能性。
     
2. 股东角度：
   
   • 完善企业财务制度，避免财产混同；
     
   • 规范经营行为，防止滥用权利；
     
   • 在借款时明确抵押范围，避免因抵押不足引发连带责任风险。

总结：自然人独资企业借款有抵押担保时，股东是否承担连带责任需结合人格混同、滥用权利等情形判断。若存在上述情形，抵押担保不影响股东连带责任的承担。建议根据具体情况收集证据，必要时咨询专业律师制定策略。如有进一步问题，可直接向我咨询。