结论：起诉离婚时，法院是否会查和别人合伙开的小作坊，需视具体情况而定，但若该小作坊涉及夫妻共同财产或债务，法院可能会进行调查。关于钱是男方父母出、女方未出资的情况，这主要影响财产的归属认定，但并不绝对排除法院的调查。

分析说明：

1. 法院调查的范围：

   • 在离婚诉讼中，法院主要关注的是夫妻共同财产和债务的分割。如果合伙开的小作坊被认定为夫妻共同财产（例如，虽然出资是男方父母，但小作坊的经营收益用于了夫妻共同生活，或者男方父母明确表示赠与夫妻双方），那么法院在审理过程中，为了公平分割财产，很可能会对该小作坊进行调查，包括其资产状况、经营状况等。
   • 如果小作坊与夫妻共同财产或债务无关，例如，它完全是男方父母出资并经营，且收益也未用于夫妻共同生活，那么法院可能不会主动调查。但是，如果一方提出异议，认为小作坊的收益或资产与夫妻共同财产有关，法院也可能会根据具体情况决定是否进行调查。

2. 出资情况的影响：

   • 钱是男方父母出的，这一事实本身并不直接决定小作坊是否属于夫妻共同财产。关键在于出资的性质和目的，以及小作坊的经营收益是否用于了夫妻共同生活。
   • 如果男方父母明确表示出资是赠与男方个人的，且小作坊的经营收益也未用于夫妻共同生活，那么小作坊可能不被认定为夫妻共同财产。但是，如果男方父母未明确表示赠与男方个人，或者小作坊的经营收益用于了夫妻共同生活，那么情况就可能不同。

3. 法律建议：

   • 在起诉离婚前，建议先梳理清楚夫妻共同财产和债务的情况，包括合伙开的小作坊的资产状况、经营状况以及出资情况等。
   • 如果认为小作坊可能涉及夫妻共同财产或债务，可以主动向法院提供相关证据，以便法院进行调查和认定。
   • 如果担心法院调查可能带来的不利影响，也可以考虑在离婚前通过协商的方式解决财产分割问题，以避免诉讼带来的不确定性和风险。

后续行动建议：

• 如果你对小作坊的财产归属或法院的调查范围有疑问，可以进一步收集相关证据，如出资协议、经营合同、收益分配记录等，以便在诉讼中更好地维护自己的权益。
• 如果你希望避免诉讼带来的麻烦和风险，也可以考虑与对方进行协商，寻求和解或调解的方式解决财产分割问题。

如有其他疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。