要证明两家公司无关联，通常没有直接由某一个政府部门出具此类证明的固定流程或标准文件，但可以通过以下几种途径和方式来间接证明或获取相关证据：

1. 市场监管部门（工商行政管理部门）：

   • 查询企业登记信息：你可以向市场监管部门申请查询两家公司的登记信息，包括股东结构、法定代表人、注册地址等。如果两家公司的股东、法定代表人等没有重叠或交叉持股的情况，这可以作为它们无关联的一种证据。
   • 注意事项：市场监管部门主要提供企业登记信息的查询服务，并不直接出具“无关联证明”。但你可以根据查询到的信息，结合其他证据，自行撰写无关联声明或证明，并可能需要经过公证等程序以增强其证明力。

2. 税务部门：

   • 查询税务登记及申报信息：税务部门掌握着企业的税务登记和申报信息，包括纳税记录、发票开具等。如果两家公司在税务上没有往来或交易记录，这也可以作为它们无关联的一种辅助证据。
   • 注意事项：税务部门同样不直接出具“无关联证明”，但你可以根据税务查询结果，结合其他财务和业务记录，来构建无关联的证据链。

3. 公证机构：

   • 公证无关联声明：如果你已经收集了足够的信息和证据来证明两家公司无关联，你可以考虑将这些信息和证据提交给公证机构进行公证。公证机构会对你提交的材料进行审查，并出具公证书，证明你所陈述的事实的真实性。
   • 注意事项：公证过程需要遵循一定的法律程序和规定，你可能需要准备详细的材料和证据，并支付一定的公证费用。

4. 法律途径：

   • 诉讼或仲裁中的证明：如果两家公司的无关联状态成为诉讼或仲裁中的争议焦点，你可以通过提交相关证据和材料，由法院或仲裁机构来认定它们之间是否存在关联关系。
   • 注意事项：法律途径通常较为复杂和耗时，且需要承担一定的诉讼或仲裁费用。因此，除非必要，否则不建议仅为了证明无关联而采取法律途径。

建议：

• 在尝试证明两家公司无关联时，首先应尽可能收集全面的信息和证据，包括企业登记信息、税务记录、业务合同等。
• 考虑咨询专业的会计师或审计师，他们可能能够提供更专业的财务和业务分析，帮助你构建更完整的无关联证据链。
• 如果需要出具正式的无关联证明或声明，建议咨询公证机构或法律专业人士，以确保文件的合法性和有效性。

如有任何进一步的问题或需要更具体的法律建议，请直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供更详细的解答。