保密文件是否应该归档，这主要取决于文件的性质、公司的规定以及相关法律法规的要求。一般来说，保密文件是需要进行归档管理的。以下从几个方面进行详细分析：

1. 从文件性质角度：

   • 保密文件通常包含公司的敏感信息、商业秘密或重要数据，这些信息对于公司的运营和竞争地位至关重要。
   • 归档保密文件可以确保这些信息在需要时能够被迅速、准确地检索到，同时防止信息泄露或丢失。

2. 从公司规定角度：

   • 许多公司都有明确的保密政策和文件管理规定，要求员工对保密文件进行妥善保管和归档。
   • 遵守公司规定不仅有助于维护公司的信息安全，也是员工履行职责的一部分。

3. 从法律法规角度：

   • 根据相关法律法规，如《中华人民共和国档案法》等，企业有义务对其重要文件进行归档管理，包括保密文件。
   • 归档保密文件有助于企业在面临法律诉讼或监管审查时提供必要的证据和资料。

4. 实际操作建议：

   • 公司应建立完善的保密文件归档制度，明确归档的范围、流程、责任人和保管期限等。
   • 对保密文件进行分类管理，如按照密级、部门或项目等进行分类，以便于检索和管理。
   • 采用安全的存储方式，如加密存储、限制访问权限等，确保保密文件的安全性。
   • 定期对归档的保密文件进行审查和更新，确保其与公司的实际情况和法律法规要求保持一致。

若公司未对保密文件进行妥善归档，可能会面临以下法律后果：

• 信息泄露风险增加，可能导致公司遭受经济损失或声誉损害。
• 在法律诉讼或监管审查中，可能因无法提供必要的证据和资料而承担不利后果。
• 违反相关法律法规，可能面临行政处罚或刑事责任。

因此，建议公司对保密文件进行归档管理，以确保信息安全、合规运营并降低法律风险。如果你在保密文件归档管理方面有任何疑问或需要进一步的法律建议，可以直接向我咨询。