商业第三者责任险中医疗赔偿5万元的赔偿计算，需结合保险条款、事故责任比例及实际医疗费用支出综合确定，具体计算逻辑如下：

1. 赔偿范围与限额
   商业第三者责任险的医疗赔偿限额为5万元，指保险公司在保险期间内对单次事故中第三者医疗费用的最高赔偿金额。赔偿范围通常包括：

   • 合理且必要的医疗费（如挂号费、检查费、治疗费、药费、住院费等）；
     
   • 符合当地基本医疗保险标准的诊疗项目费用；
     
   • 必要且合理的后续治疗费（如康复费、整容费等，需经保险公司审核或司法鉴定确认）。
     注意：若实际医疗费用超过5万元，超出部分需由被保险人自行承担或通过其他保险（如车上人员责任险、意外险）补充。

2. 责任比例影响
   赔偿金额需根据事故责任比例分摊：

   • 全责：保险公司承担全部医疗费用（不超过5万元）；
     
   • 主责/同责/次责：按责任比例赔偿（如主责70%，则赔偿金额=实际医疗费用×70%，但不超过5万元）；
     
   • 无责：不承担赔偿，由对方保险公司或责任方赔偿。
     示例：若实际医疗费用为8万元，被保险人主责（70%），则保险公司赔偿=8万×70%=5.6万，但因限额为5万，最终赔偿5万；剩余3.6万由被保险人自行承担。

3. 免赔额与绝对免赔率
   若保险条款约定免赔额（如每次事故免赔500元）或绝对免赔率（如10%），则需先扣除免赔部分后再计算赔偿：

   • 免赔额：赔偿金额=实际医疗费用×责任比例-免赔额（但不超过5万）；
     
   • 绝对免赔率：赔偿金额=实际医疗费用×责任比例×（1-免赔率）（但不超过5万）。
     示例：实际医疗费用6万，主责70%，免赔率10%，则赔偿=6万×70%×（1-10%）=3.78万（未超5万限额）。

4. 非医保用药与特殊项目
   保险公司可能对非医保用药（如进口药、特效药）或特殊诊疗项目（如高端检查、营养费）不予赔偿，需根据条款约定处理：

   • 若条款明确排除非医保用药，则需被保险人自行承担或与伤者协商分担；
     
   • 若条款未明确排除，可主张赔偿或通过诉讼争取支持。

5. 赔偿流程与材料
   申请赔偿需提交以下材料：

   • 事故认定书、保险单、被保险人身份证；
     
   • 伤者医疗费发票、病历、诊断证明、用药清单；
     
   • 责任比例证明（如调解协议、法院判决）；
     
   • 其他保险公司要求的材料（如免赔证明、转账授权书）。
     提示：及时报案并保留所有医疗票据原件，避免因材料缺失影响赔偿。

总结：医疗赔偿5万元的计算需以实际费用为基础，结合责任比例、免赔条款及保险范围综合确定。若对赔偿金额或流程有疑问，可直接向我咨询具体案件细节。