在屋顶种树是否违法，主要取决于屋顶的产权归属、是否获得必要许可、是否遵守相关法律法规及小区管理规定，以及是否对他人或建筑安全造成了影响。以下是对此问题的详细分析：
一、合法情况
个人产权且无违规：
- 如果屋顶属于个人产权（例如农村自建房的屋顶，或者购买顶层房屋时合同明确约定屋顶归个人使用），并且个人在种植过程中严格遵守了法律法规，没有损害公共利益，也没有影响相邻关系，那么种植树木是个人合法的自主行为。
全体业主同意且符合规定：
- 若屋顶属于全体业主共有的区域，在经过全体业主同意（如通过业主大会讨论通过），并制定了合理的屋顶使用规则，明确种植树木的范围、方式等，同时确保不存在安全隐患的情况下，屋顶种树也是合法的。
二、可能存在的不合法情况
未经许可占用公共区域：
- 屋顶通常被视为建筑物的共有部分，归全体业主共同所有。未经全体业主或业主大会的明确同意，私自占用屋顶进行种植，将构成擅自占用公共区域的违法行为，侵犯了其他业主的合法权益。
破坏建筑结构或造成安全隐患：
- 在种植树木的过程中，若对屋顶原有结构进行改动，如打孔、破坏防水层等，可能导致屋顶漏水、墙体开裂等安全问题。这不仅违反了相关建筑法规，还可能因造成他人财产损失而需承担法律责任。特别是树木的生长可能会加重屋顶的负担，对建筑结构造成长期影响。
违反小区管理规约：
- 小区管理规约是全体业主共同制定的规则，具有约束力。如果规约中明确禁止在屋顶种植树木，那么任何违反此规定的种植行为都是不被允许的。物业有权采取管理措施，如要求整改，甚至可能引发法律纠纷。
违反城市规划或其他相关规定：
- 部分城市对建筑物外观和风貌有统一规划要求。若屋顶种树搭建的设施不符合规划，影响城市美观和布局，将违反《城乡规划法》等相关规定，可能面临整改或处罚。
三、建议与注意事项
- 了解产权归属：在决定屋顶种树前，务必了解屋顶的产权归属情况，确保自己有权进行种植。
- 遵守法律法规：严格遵守相关法律法规，不擅自改动建筑结构，不占用公共区域，不违反城市规划等规定。
- 咨询专业人士：种植前咨询专业人士（如建筑师、园艺师等），评估屋顶的承载能力、种植树木的适宜性等，确保种植行为安全可行。
- 与邻居沟通：与邻居保持良好沟通，避免种植行为对其造成不良影响，如遮挡阳光、产生噪音等。
- 了解小区管理规约：若居住在小区内，务必了解并遵守小区管理规约中关于屋顶使用的规定。
综上所述，屋顶种树是否违法需综合考虑多个因素。在进行此类活动前，建议充分了解相关规定并咨询专业人士的意见，以确保行为的合法性。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。