行政协议与合同（此处主要指民事合同，因行政合同与行政协议存在相似性，但为全面解答，将重点对比行政协议与民事合同，并简要说明行政合同与行政协议的区别）的核心区别如下：
主体特征
- 行政协议：一方主体必然是行政机关或法律、法规、规章授权的组织，具有行政管理职权。例如，政府与企业签订的基础设施建设合作协议，政府作为行政主体参与其中。
- 民事合同：双方当事人的法律地位平等，均为自然人、法人或非法人组织，不存在隶属或服从关系。如两个企业之间签订的买卖合同，双方基于平等自愿的原则进行协商和签订。
- 行政合同补充说明：行政合同中，主体可以是行政主体与行政相对人，也可以是行政主体之间或行政相对人之间，但其中至少有一方是行政主体，且双方地位相对平等，更注重双方的合意。与行政协议相比，行政合同在主体上的灵活性更高，但核心仍在于行政主体的参与。
目的特征
- 行政协议：主要是为了实现行政管理目标或提供公共服务，具有公益性和行政性。例如，政府为了改善城市交通状况而签订的公共交通运营协议，旨在优化公共交通服务。
- 民事合同：则是为了明确双方之间的民事权利义务关系，以维护各自的私人利益。如公民之间签订的房屋租赁合同，主要是为了满足居住需求或获取租金收益。
- 行政合同补充说明：行政合同则主要为了满足行政机关自身的行政管理需求或为相对方提供特定的行政服务，同时兼顾经济利益和双方的特定经济目的。与行政协议相比，行政合同在目的上可能更侧重于特定经济目的的实现，但仍需服务于公共利益。
内容区别
- 行政协议：内容通常涉及行政机关的行政管理职权，可能包括政策执行、公共资源的配置和使用等。例如，土地出让协议中关于土地用途、开发期限的规定，体现了政府对土地资源的管理和规划。
- 民事合同：则主要涉及民法上的权利义务，围绕当事人之间的财产关系和人身关系展开，如商品买卖、服务提供、知识产权转让等。例如，软件许可使用合同中关于软件使用权的授予和使用限制等内容。
- 行政合同补充说明：行政合同的内容虽然也涉及行政管理职权，但更注重双方的合意和特定经济目的的实现。与行政协议相比，行政合同在内容上可能更加具体和灵活，以适应不同行政管理需求和经济目的。
订立程序差异
- 行政协议：通常需要遵循特定的行政程序和法律规定，如内部审批、公告、招投标等。例如，政府进行大型基础设施建设项目时，需通过公开招投标选择合作企业，并经过相关部门审批后才能签订协议。
- 民事合同：则主要依据双方当事人的意思自治和协商一致，程序相对灵活。如自然人之间的小额借款合同，双方就借款金额、利息、还款期限等事项协商一致后，合同即可成立。
- 行政合同补充说明：行政合同的订立程序虽然也需遵循一定规定，但相比行政协议可能更加灵活，以适应不同行政管理需求和经济目的。然而，这并不意味着行政合同的订立可以完全脱离行政程序和法律规定。
权利义务及优益权
- 行政协议：行政主体享有行政优益权，即为了实现行政管理目标或公共利益的需要，在法定情形下可以单方面变更、解除协议。同时，行政主体还负有依法履行协议、保障相对人合法权益的义务。
- 民事合同：双方当事人的权利义务平等，都应按照合同约定全面履行自己的义务，不得擅自变更或解除合同。
- 行政合同补充说明：在行政合同中，行政主体也享有一定的行政优益权，但相比行政协议可能更加有限和具体。同时，行政合同中的相对人也享有更多的权利保障，如获得报酬权、损害赔偿请求权等。
争议解决机制不同
- 行政协议：纠纷通常通过行政复议或行政诉讼途径解决，因为涉及行政机关的行政管理行为，需要对行政机关的行为进行合法性和合理性审查。例如，对政府征收土地补偿协议不服的，可申请行政复议或提起行政诉讼。
- 民事合同：纠纷则主要通过民事诉讼途径解决，遵循民事诉讼的程序和规则，由人民法院根据民事法律规范进行裁判。如因买卖合同产生的质量纠纷，可向人民法院提起民事诉讼。
- 行政合同补充说明：行政合同的争议解决方式可能更加多样，除可通过行政途径解决外，还可根据具体情况通过民事诉讼等方式解决纠纷。这体现了行政合同在纠纷解决方式上的灵活性。
行政协议与行政合同的简要对比：
- 行政协议更强调行政机关的主导地位和行政优益权的行使，具有更强的行政性；
- 行政合同则更注重双方的合意和契约精神，是公法和私法相互渗透的产物，兼具行政性和合同性。
总结与建议：
行政协议与合同（主要指民事合同）在主体、目的、内容、程序、权利义务及争议解决机制等方面均存在显著差异。这些区别不仅体现了两者在法律性质和功能上的不同定位，也为我们在实际应用中提供了明确的指导和判断依据。若您在实际生活中遇到相关问题，建议根据具体情况准确区分和适用两者，以确保自身权益的合法性和有效性。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。