农业银行贷款最后一天凌晨扣款是否算逾期，需分情况讨论：
若凌晨扣款成功
根据贷款合同约定及银行操作规则，只要在还款日当天（包括凌晨）完成足额扣款，即视为按时还款，不构成逾期。银行系统通常以扣款成功时间为准，而非借款人主动操作时间。
若凌晨扣款失败
- 原因一：账户余额不足
若因借款人账户余额不足导致扣款失败，即使后续补足款项，仍可能被认定为逾期。部分银行会按合同约定收取罚息，并可能将逾期记录上报征信系统。
- 原因二：银行系统故障
若因银行系统问题（如系统维护、网络故障）导致扣款失败，借款人需立即联系银行客服说明情况，并提供相关证据（如账户流水）。若银行确认责任在己方，通常不会认定为逾期，但需借款人主动沟通解决。
- 原因三：还款日截止时间争议
部分银行可能规定还款日截止时间为当日24:00，但系统实际扣款时间可能提前（如凌晨）。若合同未明确约定扣款时段，借款人需以银行最终记录为准。若银行在还款日当天完成扣款，即使时间较早，仍视为按时还款。
建议行动：
- 提前1-2日将足额款项存入还款账户，避免因资金到账延迟或系统问题导致扣款失败。
- 若扣款失败，立即联系银行客服核实原因，并保留通话记录或书面回复作为证据。
- 定期查询个人征信报告，确认还款记录是否准确，如有异议可向银行或征信机构提出申诉。
法律依据：
根据《民法典》第六百七十六条，借款人未按照约定的期限返还借款的，应当按照约定或者国家有关规定支付逾期利息。但若因不可归责于借款人的原因导致扣款失败，可依据《民法典》第五百九十条主张免责。
如有进一步疑问，可直接向我咨询贷款合同纠纷、征信异议处理等法律问题。