在破产清算程序中，关于股东借款与普通债权人的赔偿顺序，这主要取决于股东借款的性质以及其在破产清算中的法律地位。以下是对这一问题的详细解答：
首先，我们需要明确的是，在破产清算中，偿债顺序是严格遵循法定原则的，这一顺序旨在确保各类债权的公平受偿。根据《中华人民共和国企业破产法》及相关法律法规，破产财产的清偿顺序通常如下：
破产费用和共益债务：
- 这些费用包括破产案件的诉讼费用、管理破产财产的费用等，以及为全体债权人的共同利益而支出的债务。这些费用和债务应当从债务人财产中随时清偿，以确保破产程序的顺利进行。
有特定财产担保的债权：
- 如果股东借款设定了抵押权、质权或留置权，并且这些担保物仍然有效且未被处置，那么该股东借款将优先于其他债权（包括普通债权）得到清偿。但需要注意的是，若行使优先受偿权利未能完全受偿，其未受偿的债权则转为普通债权。
破产人所欠职工的相关费用：
- 这包括破产企业在破产程序开始前拖欠职工的工资、医疗费用、伤残补助费用、抚恤费用，以及应当划入职工个人账户的基本养老保险、基本医疗保险费用等。这些费用在破产清算中享有优先受偿的地位。
破产人欠缴的社会保险费用和税款：
- 除了职工个人账户的基本养老保险、基本医疗保险费用外，还包括欠缴的失业保险、工伤保险和生育保险费用等。同时，破产企业在生产经营过程中欠缴的各种税款也需优先清偿。
普通破产债权：
- 普通破产债权是指除上述优先受偿的债权以外的其他债权。这通常包括企业之间的货款、借款等。在清偿普通破产债权时，若破产财产不足以清偿同一顺序的清偿要求，则按照比例进行分配。
针对股东借款的特殊情况：
- 如果股东借款未设定特定财产担保，且不属于破产人所欠职工的相关费用或欠缴的社会保险费用和税款，那么该股东借款将作为普通破产债权进行清偿。
- 在清偿普通破产债权时，所有普通债权人（包括股东作为债权人时）将按照比例分配破产财产，没有优先受偿的权利。
总结：
在破产清算中，股东借款的赔偿顺序主要取决于其是否设定了特定财产担保以及其在破产清算中的法律地位。如果未设定担保且不属于优先受偿的债权类别，那么股东借款将作为普通破产债权进行清偿，与其他普通债权人按比例分配破产财产。因此，在实际操作中，应严格按照法律法规执行破产清算程序，确保各类债权的公平受偿。